Comme tous les aéroports, cette infrastructure est source de pollution sonore, de dérangement, de pollutions diverses et d'émissions de gaz à effet de serre (au décollage surtout).
Sa construction a contribué à la régression de l'arganeraie quasiment endémique du Maroc.
Alors qu'elle régresse en termes de superficie et surtout de densité sur tout son territoire: (elle est passée en 50 ans de 100 arbres/ha à 30 arbres/ha, tandis que les superficies couvertes régressaient en moyenne de 600 ha par an, la construction de l'aéroport et de son réseau routier (route le reliant à Agadir) ont détruit plus de 1000 hectares des plus beaux massifs forestiers d'arganier d’Admin et de Mseguina .
