Le projet d´un aéroport de Chambéry est lancé en 1934, sous la forme d´un aéroport mixte (civil et militaire), puis concrétisé par le ministre de l'Air Pierre Cot. Dans les années 1950, pour développer le tourisme, Robert Barrier relance comme Président du Conseil général l'aéroport du Bourget-du-Lac qui deviendra plus tard l'Aéroport de Chambéry-Aix-les-Bains. Son activité débute en 1960 avec, en particulier, le lancement par la compagnie Air Alpes de liaisons sur Lyon et Paris (quotidienne jusqu'en 2002).
De 1964 au 1 Juillet 2004, la Chambre de commerce et d'industrie de la Savoie en assure la concession. Il est aujourd'hui géré par le Groupement VINCI Airports/Keolis Airport.
En 1990, la nouvelle aérogare d´une surface de 2600 m² est inaugurée, en parallèle avec plusieurs travaux de modernisation de la piste et des hangars pour un coût total de 75 millions de francs français, principalement en prévision des Jeux olympiques d'hiver de 1992 à Albertville.
En 2002, l´aéroport enregistre son record avec 3600 mouvements d´avions à l´année, traitant plus de 10 000 passagers par weekend, principalement en hiver.