La construction de l'aéroport était initialement prévue en 1919, mais il n'ouvrira finalement que le 12 septembre 1936. En 1957, il est le troisième aéroport mondial pour le trafic de fret. Il est le principal aéroport de la ville jusqu'en 1985, quand le nouvel aéroport international de São Paulo-Guarulhos fut construit (à 35 km du centre-ville) à cause de la congestion de Congonhas qui, de plus, ne pouvait accueillir les vols transatlantiques.
L'aéroport continue à être important pour la ville avec un fort trafic de vols intérieurs et régionaux. Malgré la construction de Guarulhos, l'aéroport de Congonhas continue à être saturé tant par le nombre de passagers que par le nombre de vols. L'aéroport de Viracopos, qui était l'aéroport des vols internationaux jusqu'en 1985, gère pourtant une part significative du trafic de fret et une partie du trafic passagers.
Les halls de Congonhas sont considérés comme un exemple caractéristique de l'architecture moderne de Sao Paulo.
Congonhas est le principal hub des grandes compagnies brésiliennes : TAM Linhas Aéreas, Gol Transportes Aéreos et Varig.