- Japon : Si l’Aichi E13A a fait une carrière moins médiatisée que d’autres avions japonais durant la Seconde Guerre mondiale, il fut un fidèle serviteur pour la Marine Impériale du début à la fin du conflit, et probablement le plus réussi des avions de sa catégorie. Il était plus gros que le Vought OS2U Kingfisher, emportait plus de bombes que l’Arado Ar 196, était plus rapide et disposait d’une autonomie supérieure que ces deux appareils.
Mis en service en Chine courant 1941, l’Aichi E13A fut surtout utilisé depuis les croiseurs (Kinugasa, Atago, Takao, Chokai, Maya, Kumano, Chikuma, Tone, Suzuya,…) et ravitailleurs d’hydravions (Chitose, Chiyoda, Kimikawa Maru) japonais à travers tout le Pacifique. 4 Jake effectuèrent les reconnaissances préliminaires à l’attaque de Pearl Harbor à l'aube du 7 décembre 1941. Présent également pendant la Bataille de la mer de Corail, à Midway, Guadalcanal ou dans les Îles Salomon, ce monomoteur démontra une grande flexibilité d’emplois : sauvetage en mer, lutte anti-sous-marine, attaque de navires de surface, escorte de convois, liaison, patrouille côtière, ... À Guadalcanal, utilisé pour des missions de harcèlement de nuit, le bruit caractéristique de son moteur lui valut le surnom de Boiler-Charlie (Charlie la lessiveuse). Durant les derniers moins de guerre les Aichi E13A furent encore utilisés pour des missions kamikaze contre les convois alliés en route vers le Japon.
Très apprécié de ses équipages, l’Aichi E13A a équipé, entre autres, les 5, 7, 19, 21, 36, 40, 901, 932, 955, Chichijima et Sasebo Kokutai.
- Thaïlande : Quelques exemplaires furent livrés en 1943 à la Marine royale thaïlandaise et utilisés jusqu’à la fin des années 1940.
- France : Quatre exemplaires abandonnés par les Japonais furent récupérés par les forces françaises en Indochine et utilisés par l'escadrille 8S de l'Aéronautique navale jusque fin août 1948.
- Nouvelle-Zélande : Un exemplaire capturé par les forces néo-zélandaises et utilisé par la RNZAF sur le front, mais cet appareil fut finalement abandonné, ayant coulé suite à une fuite dans un flotteur.