Comme son nom l'indique, c'est en Alaska que le malamute puise ses sources.
Le Malamute d'Alaska tire son nom des Mahlemiuts (« les hommes habitant l’endroit où il y a de grandes vagues »), tribu esquimau habitant le golfe de Kotzebue dans les hautes régions de l’ouest de l’Alaska.
La survie de ce peuple dans ce milieu hostile tenait aux qualités de leurs chiens qu'une sélection de plusieurs centaines d'années avaient amenés au plus haut point de l'adaptation naturelle. Fort, résistant aux plus basses températures, courageux, avec des aptitudes naturelles au tractage des traîneaux l'hiver ou les barques de pêche l'été, le Malamute d'Alaska était un chien très important pour la survie des Esquimaux et qui donc était bien traité et soigné.
La ruée vers l'or du Klondike démarra en 1896, et les prospecteurs et les colons comprirent rapidement que le chien indigène, le Malamute, était le plus à même de les aider dans leurs déplacements dans cet environnement inhospitalier de l'Alaska.
Toutefois ils crurent pouvoir améliorer les chiens sélectionnés par les Malhemiuts pendant des centaines d'années, en les croisant avec des chiens européens, comme le Montagne des Pyrénées par exemple.
Bien souvent ces chiens croisés ne survivaient pas aux conditions climatiques terribles de l'Alaska, ou bien étaient de trop gros consommateurs de nourriture par rapport au travail qu'ils rendaient.
Le chien indigène aurait pu disparaître sans la tenacité et l'admiration que leur portait une poignée de personnes durant les années 1930. Parmi ces personnes, il faut noter Mme Eva Seeley qui est à l'origine d'une lignée de Malamutes appelés type « Kotzebue ». Avec son mari, elle sélectionna des dizaines de chiens qui furent utilisés par l'amiral Richard Byrd dans ses expéditions vers le pôle Sud.
Paul Voelker développa une autre lignée de Malamutes appelés type « M'Loot », plus grand et plus lourds, mais moins homogène dans le type.
Robert Zoller ne trouvait pas son bonheur dans les lignées « Kotzebue », qu'il trouvait trop petites et les « M'Loot » avec de mauvais postérieurs. Il trouva un autre type de Malamutes qui furent à la base de son élevage et qui lui semblait être les Malamutes idéaux. Ces chiens furent à l'origine de la troisième lignée appelée « Hinman-Irwin ».
Bien que l'on arrive encore à trouver aux États-Unis des Malamutes de type Kotzebue pur, la plupart des Malamutes actuels sont un grand mélange de ces différentes lignées.
