Représentant près des trois derniers quarts de l'histoire de Mars selon l'échelle de Hartmann & Neukum, l'Amazonien serait une époque plutôt pauvre en événements géologiques, marquée cependant par plusieurs épisodes volcaniques dont les plus récents seraient datés d'une centaine de millions d'années.
Ayant perdu son champ magnétique avant la fin du Noachien, comme en témoigne le fait qu'aucun des bassins d'impact n'ait révélé de paléomagnétisme rémanent, la planète s'est trouvée rapidement dépourvue de magnétosphère, exposant son atmosphère à l'érosion continue du vent solaire pendant tout l'Hespérien et l'Amazonien, une durée telle que, même avec l'hypothèse d'une érosion modérée, on explique aisément la perte de 100 kPa de pression partielle de CO2 au sol sur 3,5 milliards d'années.
En conséquence, la température moyenne à la surface de Mars a dû progressivement baisser au fur et à mesure que l'effet de serre maintenu par le dioxyde de carbone disparaissait en même temps que ce gaz, tandis que baissait également la pression atmosphérique au sol, deux paramètres qui rendirent l'existence d'eau liquide en surface de moins en moins probable. La pression de l'atmosphère de Mars, essentiellement constituée de CO2, diminua jusqu'à se stabiliser autour de 610 Pa en moyenne, soit très près de la pression au point triple de l'eau, qui est de 611,73 Pa.
Cette situation, couplée à la température moyenne de 210 K (-63,15 °C) qui règne à la surface de la planète, rend la présence d'eau liquide nécessairement très éphémère, l'eau étant généralement ou bien à l'état solide sous forme de glace dans le pergélisol, ou bien à l'état gazeux sous forme de vapeur d'eau dans l'atmosphère de Mars, la glace se sublimant au contact de l'atmosphère dès que la température dépasse son point de fusion — lequel est sensiblement abaissé par la présence de chlorures dissous ou par l'acide sulfurique, l'eutectique du mélange H2SO4•6,5H2O – H2O gelant même vers 210 K, c'est-à-dire précisément la température moyenne à la surface de Mars.
Néanmoins, de l'eau liquide a sans doute dû être présente à l'Amazonien sur les sites étudiés par les rovers Spirit et Opportunity pour expliquer la bonne préservation de la jarosite pulvérulente, qu'on s'attendrait à trouver dans un état plus dégradé si elle avait effectivement traversé plus de trois milliards d'années soumise à l'érosion éolienne ; par ailleurs, Spirit a relevé, dans le cratère Gusev, des dépôts sédimentaires stratifiés enrichis en soufre, chlore et en brome, ainsi que la présence de goethite α-FeO(OH) et d'hématite Fe2O3, dans des terrains datés de moins de deux milliards d'années, indiquant que de l'eau liquide devait encore exister, au moins sporadiquement, à l'Amazonien.
Dans ce climat globalement aride et froid sous une atmosphère ténue de dioxyde de carbone CO2 comportant des traces de substances oxydantes telles que l'oxygène O2 ou le peroxyde d'hydrogène H2O2, le fer des minéraux situés en surface a été progressivement oxydé en oxydes de fer anhydres, essentiellement en oxyde de fer(III) Fe2O3, responsable de la couleur rouille des paysages martiens ; cette oxydation atmosphérique est néanmoins limitée aux couches superficielles, et les matériaux du sol situés immédiatement sous la surface, à seulement quelques centimètres de profondeur, sont déjà de couleur différente.