Après une vie assez chaotique en Orient, il finit par rejoindre les forces armées comme pilote, puis comme commandant. Il rejoignit l'Angleterre en septembre 1939 pour y prendre le commandement du groupe 5 de la RAF. Gravissant rapidement les échelons, il fut promu Air Marshal et commandant-en-chef (C-in-C) du Bomber Command en février 1942. Dès lors, les opérations aériennes sur l'Allemagne changèrent de nature et d'intensité.
« Les Nazis sont entrés dans cette guerre avec l'illusion enfantine qu'ils allaient bombarder tout le monde, mais que personne ne les bombarderait. A Rotterdam, Londres, Varsovie, et dans une cinquantaine d'autres endroits, ils ont mis leur théorie naïve en application. Qui sème le vent récolte la tempête. »
— Arthur Travers Harris, Bomber Offensive
Pénétré de sa mission, Harris était sans état d'âme quant aux très nombreuses victimes civiles de ses raids, pas plus que pour les pilotes perdus au combat, ce qui lui valut son surnom. Jusqu'à la fin de sa vie, il défendit par exemple l'utilité militaire du très controversé bombardement de Dresde en février 1945.
Anecdote : Le Marshal Harris, se rendant à son quartier général en voiture, fit une fausse manœuvre en se garant. « Maréchal ! Attention » lui dit le portier, « vous auriez pu tuer quelqu'un ! » - « Hélas, mon ami, répondit-il, c'est ce que je passe mon temps à faire, toutes les nuits ! ».