L'organisation de l'assainissement dépend avant tout du système mis en place. L'assainissement non collectif ou autonome repose avant tout sur l'exploitant de l'installation. Eventuellement un contrôle d'efficacité est mis en place par la collectivité, au titre de la protection des milieux naturels.
Les systèmes collectifs supposent quant à eux un gestionnaire désigné par la collectivité du service public de l'assainissement. Il peut être une émanation de la collectivité (gestion publique), ou faire l'objet d'un contrat de délégation plus ou moins formalisé.
La délégation peut ainsi se faire au profit d'une association locale, ou d'entreprises informelles pour les systèmes simples de collecte et de traitement des ordures ménagères ou d'eaux usées. Lorsque les systèmes atteignent une relative complexité, le délégataire est choisi pour ses compétences techniques et organisationnelles.
De plus en plus, certains rôles sont délégués à des entreprises privées et notamment l'épuration des eaux, le traitement des déchets et la plomberie au niveau domestique.
Le financement peut se faire au travers de taxes et d'impôts (Grande-Bretagne par exemple) en général liés au foncier, ou au travers de redevance perçue sur les volumes rejetés (souvent le volume d'eau potable consommé).
Cependant, dans de nombreux pays, notamment en développement, le financement des services publics d'assainissement ne sont pas assurés. La constitution d'un réseau représente un investissement majeur, avec un amortissement sur des périodes comprises entre 60 et 100 ans. La délégation aux entreprises privées peut permettre la mise en place d'une structure de financement, l'inconvénient majeur est que les zones pauvres et en particulier les bidonvilles sont mal ou non desservies car sont trop peu rentables. L'État ou la collectivité locale doivent alors jouer un rôle de régulateur pour assurer une distribution équitable des services.
Les individus sont aussi de plus en plus sollicités pour des actions devant se dérouler au niveau domestique : tri sélectif, réduction de la quantité d'eau utilisée...