Le grand retable de Veit Stoss orne le maître-autel du chœur, il est considéré comme l'un des chefs-d'œuvre de la sculpture du bas Moyen-Age, il constitue le plus grand retable gothique en bois d'Europe. Son auteur naquit vers 1448 dans la petite ville de Horb am Neckar. Venu de Nuremberg à Cracovie en 1477, il y vécut une vingtaine d'années puis retourna à Nuremberg où il mourut en automne 1533.
Veit Stoss commença son œuvre grandiose le 25 mai 1477. Lorsque, après six ans de travail, le conseil municipal vit le retable en cours d'exécution, il s'émerveilla au point d'exonérer d'impôt le Maître. Le retable est terminé en juillet 1489, au bout de douze ans de travail.
Pendant le Seconde Guerre mondiale, le retable marial fut démonté et emportés par les nazis en Allemagne où il est dissimulé dans divers endroits. Retrouvé après la guerre, il a été rapatrié en 1946 à Cracovie en très mauvais état. Soumis à une restauration de fond en comble, il est revenu en 1957 à l'église Mariale, et remonté à l'aide du même treuil dont s'était servi Veit Stoss en 1489. Cet engin se trouve dans le grenier du chœur, juste au-desus du retable.
Le retable se compose de cinq parties principales (pentaptyque): un panneau central et quatre volets dont deux sont mobiles et deux fixes. Sa base est constituée par la prédelle qui repose sur la table d'autel; elle représente la généalogie de la Vierge dite Arbre de Jessé, d'après le dessin de l'artiste néerlandais Israël van Mackenem.
Le retable fermé est rempli de douze tableaux - bas-reliefs - représentant des scènes de la vie de la Vierge Marie et du Christ, disposés à partir de la gauche vers la droite, de haut en bas :
- La rencontre de Saint Joachim et de sainte Anne ;
- La nativité de la Vierge Marie ;
- La Présentation de la Vierge Marie au Temple ;
- La Présentation de Jésus au Temple ;
- Jésus au milieu des docteurs ;
- L'Arrestation de Jésus ;
- La Crucifixion ;
- La Descente de la Croix ;
- La Mise au tombeau ;
- Le Christ dans l'Abîme ;
- Trois Maries près du Tombeau ;
- Le Christ avec Sainte-Madeleine.
Les volets ouverts laissent apparaître le scène centrale de la Dormition et de l'Assomption de la Vierge, qui renoue avec la Légende dorée selon laquelle Marie mourut sans souffrir, entourée des apôtres. Dans l'encadrement de cette scène sont placés des prophètes et des patriarches; dans les angles supérieurs, les Pères de l'Église : Grégoire, Jérôme, Ambroise et Augustin.
Le volet gauche de haut en bas, comporte les scènes de l' Annonciation, de la Nativité, de L'Adoration des mages; le volet droit, les scènes de la Résurrection, de l'Ascension, de la Pentecôte.
Le sommet du retable est composé de la représentation du Couronnement de la Mère de Dieu et des patrons du Royaume de Pologne: saint Stanislas et saint Adalbert.
Ouvert, le retable a 11,00 m de largeur et 12,85 m de hauteur; le panneau central a 5,34 de largeur; sa hauteur (de même que celle des volets) est de 7,25 m. Les statues les plus hautes ont 2,8 m et pèsent plusieurs centaines de kilogrammes. Maître Stoss utilisait pour l'exécution de son œuvre trois espèces de bois: du chêne - pour tous les éléments portants, du mélèze, pour le boisage de l'ensemble de l'autel et du tilleul dans lequel il a sculpté plus de 200 personnages et près de 2 000 détails: fleurons, remplages, ajours. Les lourds troncs des tilleuls vieux de 500 ans étaient choisis par lui-même, puis transportés à Cracovie, par voie fluviale de la Forêt de Niepołomice.
Dans le coin droit du compartiment Crucifixion se tient un homme pensif, vêtu d'une riche pelisse. La tradition affirme que Stoss avait l'habitude de se représenter ainsi.