La mission de sauvetage ratée
Les Jedi Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker ainsi que la sénatrice Padmé Amidala ont été condamnés à mort par le comte Dooku, comme espions ayant refusé de rejoindre les rangs de la CSI. Dans l'arène de Géonosis, les trois héros ont été attachés à des piliers alors que trois créatures s'approchent pour les tuer. Anakin, Padmé et Obi-wan arrivent quelque peu à se tirer des griffes de leurs adversaires. Mais ils se font arrêter par des Droïdekas dans leur tentative de fuite.
Alors que les Séparatistes s’apprêtent à exécuter leurs prisonniers dans l’arène de Poggle le Bref, archiduc de la planète, un détachement d’environ 200 Jedi vient à la rescousse. Le chasseur de primes Jango Fett perd la vie durant cette affrontement puisqu'il est décapité par Mace Windu, après avoir tué le Jedi Coleman Trebor. Surgissent alors de nombreux Droides de combat, Superdroïdes de Combat et Droïdekas qui, appuyés par des soldats géonosiens et leurs Canons Soniques, commencent à massacrer les Jedi dans l'arène désertée par les civils, non sans subir de lourdes pertes.
L'arrivée providentielle de maître Yoda et de l'armée clone
Alors que les survivants allaient donner un "dernier baroud d'honneur", Yoda arrive dans l'une des nombreuses Canonnière TIO/BA qui attaquent l'arène, réduisant en cendres les troupes droides présentes. La véritable bataille hors de l'arène peut dès lors commencer, bien que de nombreux Jedi soient déjà morts.
La bataille dans les plaines et le ciel de Géonosis
Chaque Jedi prend sous sa responsabilité un bataillon de clones. Le choc est terrible, les deux armées étant constamment apprivisionnées en renforts et munitions (les usines séparatistes tournent à plein régime alors que de nouvelles troupes clones débarquent des (Destroyers de classe Acclamator).
Alors que les premières lignes clones soutiennent le choc, puis enfoncent l'armée séparatiste, une grande partie de celle-ci ne peut s'enfuir, ses vaisseaux étant détruits par l'artillerie clone ou les missiles de quelque Canonnière TIO/BA.
Pendant ce temps dans l'espace proche de Géonosis, les turbolasers des Destroyers de classe Acclamator de la République réussissent à se débarrasser de la chasse géonosienne.
La fuite du comte Dooku
Le comte Dooku (Dark Tyranus) s'étant échappé, Anakin Skywalker et Obi-Wan Kenobi le suivent et finalement le combattent dans son hangar secret. Les deux Jedi sont assez rapidement mis au tapis tandis que le comte dooku sectionne l'avant bras d'Anakin. Yoda arrive alors pour combattre le comte Dooku. Le Sith et le Jedi s'affrontent grâce à la Force. Un combat au sabre laser plein d'agilité s'en suit. Le comte fait tomber sur les deux Jedi encore à terre, un gros pilier que Yoda soutient avec la Force. Profitant de sa ruse, le comte Dooku s'enfuit alors dans son croiseur.
