La seconde génération du catalyseur est employée dans les même domaines de synthèse que la première mais est beaucoup plus active. Contrairement à son prédécesseur, il est sensible à l'air et à l'eau, et doit donc être manipulé sous atmosphère d'argon ou d'azote. Un catalyseur basé sur un azote insaturé (1,3-bis(2,4,6-triméthylphényl)dihydroimidazole) a été décrit par l'équipe de Nolan en mars 1999. L'équipe de Grubbs a décrit un peu plus tard cette même année un catalyseur basé sur un carbène N-hétérocyclique saturé (1,3-bis(2,4,6-triméthylphényl)imidazolidine). L'un des ligands phosphine est remplacé par un carbène N-hétérocyclique (NHC)saturé, dans ce cas, le ruthénium est lié à deux carbènes. La dénomination IUPAC de la deuxième génération de ce catalyseur est benzylidène[1,3- bis(2,4,6-triméthylphényl)-2- imidazolidinylidène]dichloro(tricyclohexylphosphine)ruthénium. Les deux pemières générations de ce catalyseur sont commerciales.