La cathédrale Saint-Jean-Baptiste de Perpignan est un édifice construit entre 1324 et 1509. A partir de 1602, elle supplante Elne en tant que siège du diocèse, anciennement diocèse d'Elne, et désormais diocèse d'Elne-Perpignan.
Elle succède à un autre édifice dédié à saint Jean-Baptiste, l'église Saint-Jean-le-Vieux, construite aux XII et XIII siècles (consacré en 1246), qui subsiste à son flanc nord. Cette église, siège de la paroisse primitive de Perpignan créée en 1025, devint le siège d'une communauté de chanoines augustins en 1102.
Dès 1230, la chapellenie majeure de cette communauté fut unie au siège épiscopal d'Elne. En 1324, alors que Perpignan était la capitale du royaume de Majorque, le roi Sanche lança le chantier du nouvel édifice qui, s'il n'était pas la cathédrale en titre du diocèse, n'avait pas moins l'ambition de le devenir.
Pour remplacer le cimetière situé au sud de Saint-Jean-le-Vieux, dont l'espace devait être occupé par la nouvelle construction, on avait commencé dès 1298 par construire un vaste cloître-cimetière situé plus au sud, au détriment d'un espace déjà urbanisé.
La nouvelle église devait comporter trois nefs, un court transept et un chevet simple à trois absides, les bas-côtés étant flanqués de chapelles. Le chantier lancé en 1324 ne connut une activité soutenue que durant moins de vingt ans, l'absidiole sud du chevet étant la seule partie atteignant une certaine hauteur de construction, grâce aux libéralités de la sœur du roi, Sancie de Majorque, reine de Naples.
Dès 1344 en effet, ce fut la fin du petit royaume, et quatre ans plus tard, les ravages de la peste noire mirent un coup d'arrêt à l'entreprise. Pendant plus de soixante ans, le chantier n'avança que très peu ou pas du tout. C'est sous l'épiscopat de Jérôme d'Ocon, au début du XV siècle que la construction reprend, semble-t-il, sous l'impulsion de Galceran Albert, administrateur du diocèse. Le maître d'œuvre de l'édifice est alors le majorquin Guillem Sagrera, cité comme tel en 1416 et qui continuera ses fonctions malgré son retour à Majorque en 1422.
En 1436, Galceran Albert, parvenu à l'épiscopat, change, sans doute selon le projet de Sagrera, le plan de l'édifice projeté : la construction est réduite à une seule nef, de grandes largeur (18 m) et hauteur (26 m), flanquée de chapelles entre contreforts qui remplacent les bas-côtés initialement prévus. Ce choix traduit le désir d'une édification plus facile et moins coûteuse, en même temps qu'un choix esthétique en faveur de la nef unique qui s'est imposée depuis la fin du XIII siècle comme la formule-type des grandes églises dans le domaine méridional.
La construction suit à partir de ce moment un rythme régulier, progressant d'ouest en est : c'est au cours la première occupation française du Roussillon, entre 1490 et 1493, que le sanctuaire est voûté. La première messe est célébrée en 1504, alors que l'édifice est solennellement consacré le 16 mai 1509, cent quatre-vingt cinq ans après la pose de sa première pierre.
