La reconstruction de cet ancien château féodal se situe entre la fin du XVsiècle et le début du XVIsiècle à 500 mètres au nord du château fort primitif.
C'est le baron René de Thoury, issu de la famille du même nom originaire du Bourbonnais, descendant de Goussaut de Thoury qui fit entreprendre les travaux de réalisation du château de Boumois.
Un marché est passé en octobre 1521 par René de Thoury avec le maître maçon Jean Pymotz, pour la construction des voûtes de la cuisine et du garde-manger et de deux escaliers pour descendre de la cuisine à la cave, et des marchés de serrurerie ont été passés en 1521 avec Jean Raciquot ce qui ferait remonter la construction du logis et de l'aile sud des communs vers 1520.
Un marché de 1524 comporte le colombier, l'aile nord de cent sept pieds de long qui borde la cour et rejoint la chapelle Sainte-Anne nouvellement construite, et un mur percé de deux portes fermant la cour à l'Est. Puis sont construits avant 1530 les pièces voutées entre la chapelle et le pignon du logis ainsi qu'un mur d'enclos de cinq cents toises de long autour du jardin situé au sud du château.
Lors des guerres de religion, deux bastions de terre, aux angles est des douves sont établis vers 1560 pour renforcer les défenses.
L'aile sud est détruite en 1859.
Les vitraux de la chapelle (parmi lesquels un ensemble splendide du XVI siècle représentant René de Thoury et sa famille) ont été vendus à la fin du XIX siècle à une université américaine.
En 1944 une bombe a soufflé la partie sud du logis, et les charpentes, la toitures et les huisseries ont du être refaites.
Par arrêté du 18 août 1953, le château, ainsi que les douves, le sol intérieur carrelé en tomettes et le superbe colombier conservé d'origine, sont classés "Monument Historique".