L'archipel des Comores est constitué d'îles volcaniques. Les Comores se trouvent dans le canal de Mozambique au nord-ouest de Madagascar et face au Mozambique. Ces îles volcaniques, ainsi que certains massifs du nord de Madagascar se sont formés au tertiaire et au quaternaire. le karthala est l'un des plus grand cratère du monde.
Bien que contestée, l'hypothèse d'un point chaud au-dessus duquel aurait « défilé» selon une trajectoire sud-est, nord-ouest puis nord-est, sud-ouest, la plaque somalienne pourrait rendre compte des âges progressivement décroissants vers l'ouest de ces massifs volcaniques. L'île de Mayotte est la plus ancienne de ces îles actuellement émergées et aurait subi trois phases de volcanisme entre 15 et 0,5 Millions d'année. L'île la plus récente est l'île de la Grande Comore, et son volcan, le Karthala, y est toujours actif. Plus les îles sont anciennes, plus elles ont subi une morphogenèse intense. L’agressivité du climat, la faible perméabilité des sols, l’aptitude des matériaux à être mobilisés par des ruissellements amplifiés par la déforestation et le faible niveau de technicité agricole, favorisent la morphogenèse. Elle se manifeste notamment par le décapage de l’horizon superficiel du sol, par des ravinements, des éboulis, des glissements de terrain et la formation de ‘padzas’ (mauvaises terres).
Les quatre îles, qui couvrent une superficie de 2236 km², sont :
- Grande Comore (ou N'gazidja en shikomori)
- Anjouan (ou Ndzouani)
- Mohéli (ou Mwali)
- Mayotte (ou Maore) qui est elle-même composée de deux îles principales :
- Grande Terre
- Petite terre
- l'îlot Bouzy
Deux îlots sont, selon les sources et les époques, rattachées à l'archipel :
- Le Banc du Geyser, un récif de 8 sur 5 km de large, immergé à marée basse, situé à 130 km au Nord Nord est de Mayotte. Il est revendiqué par Madagascar et la France.
- Les Îles Glorieuses étaient rattachées administrativement à l'archipel avant 1975, et sont géologiquement parlant, faisant partie de l'archipel.
En outre, entre Madagascar et Mayotte, il existe le banc du Leven, une ancienne île aujourd'hui submergée.
« L'affinité entre la flore comorienne et la flore malgache est certaine. La présence du banc du Leven, long d'une centaine de kilomètres à l'extrême nord-ouest de Madagascar entre la Montagne d'Ambre et l'archipel pourrait expliquer en partie cette affinité. En effet, ce banc à aspect tabulaire présente des sédiments coralligènes pouvant être attribués à la présence d'un récif corallien durant la Glaciation de Würm »
Callmander, M.W. 2002. Biogéographie et systématique des Pandanaceae de l’Océan Indien occidental. Ph. D. Thesis, University of Neuchâtel. 253 pp.
Chacune des îles témoigne d'un phénomène d'activité volcanique différent qui sont une activité de type hawaïen à longues coulées basaltiques fluides, puis une autre de type strombolien à cônes et projections de lapilli comme dans le massif de la Grille en Grande Comore et enfin, une activité explosive avec lacs de cratères, dite ultra vulcanienne ou phréato-magmatique.