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Conservatoire botanique national alpin, créé en 1984 (syndicat mixte), agréé en 1993
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Territoire d'agrément : Rhône-Alpes (Ain, Drôme, Isère, Savoie, Haute-Savoie), Provence-Alpes-Côte d'Azur (Alpes-de-Haute-Provence, Hautes-Alpes).
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Site web (en refonte) : Site CBN alpin
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Conservatoire botanique national de Bailleul, créé en 1987 (association), agréé en 1991,
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Territoire d'agrément : Nord-Pas-de-Calais, Picardie, Haute-Normandie.
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Site web : Site CBN Bailleul.
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Conservatoire botanique national du Bassin parisien, créé en 1994 (service du Muséum national d'histoire naturelle), agréé en 1998.
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Territoire d'agrément : Champagne-Ardenne, Bourgogne, Centre, Île-de-France, Pays de la Loire (Sarthe).
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Site web : Site CBN Bassin parisien
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Conservatoire botanique national de Brest, créé en 1975 (syndicat mixte), agréé en 1990,
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Territoire d'agrément : Bretagne, Basse-Normandie, Pays de la Loire (Mayenne, Loire-Atlantique, Maine-et-Loire, Vendée).
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Site web : Site CBN Brest
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Conservatoire botanique national de Mascarin, créé en 1987 (association), agréé en 1993
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Territoire d'agrément : La Réunion, Collectivité départementale de Mayotte, Îles éparses.
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Site web : Site Mascarine
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Conservatoire botanique national du Massif Central, créé en 1996 (syndicat mixte), agréé en 1998
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Territoire d'agrément : Auvergne (Allier, Cantal, Haute-Loire, Puy-de-Dôme), Limousin (Corrèze, Creuse, Haute-Vienne), Rhône-Alpes (Ardèche, Loire, Rhône).
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Conservatoire botanique national méditerranéen de Porquerolles, créé en 1979 (service du Parc national de Port-Cros), agréé en 1990
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Territoire d'agrément :Languedoc-Roussillon, Provence-Alpes-Côte d'Azur (Alpes-Maritimes,Bouches-du-Rhône, Var, Vaucluse).
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Site web : Site CBN méditerranéen.
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Conservatoire botanique national des Pyrénées et de Midi-Pyrénées, créé en 1999 (syndicat mixte), agréé en 2001
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Territoire d'agrément : Midi-Pyrénées, Aquitaine (Pyrénées-Atlantiques, dans la limite de la zone géographique du massif des Pyrénées. Ce conservatoire assure également la coordination biogéographique des actions des conservatoires botaniques nationaux pour le territoire du massif des Pyrénées.
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Site web : Site CBN Pyrénées et Midi-Pyrénées
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Conservatoire botanique national de Franche-Comté, Arc jurassien et bassins de la Saône et du Doubs, créé en 2003 (association), agréé en 2007
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Zone de compétence : Franche-Comté (Doubs, Jura, Haute-Saône, Territoire de Belfort)
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Site web : Site CB France-Comté.
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Conservatoire botanique national de Corse, service de l'Office de l'environnement de la Corse, agréé en 2008
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Zone de compétence : Corse
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Conservatoire botanique national sud-atlantique, créé en 2006 (syndicat mixte de collectivités locales), agréé en 2008
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Zone de compétence : Aquitaine (Dordogne, Gironde, Landes, Lot-et-Garonne, Pyrénées-Atlantiques en dehors de la zone géographique du massif des Pyrénées, Poitou-Charentes.
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Site web : Site CBN sud-atlantique.