Les îles d'Hyères étaient appelées Stoechades par les Grecs (ce qui veut dire rangées en ligne).
Porquerolles semble avoir appartenu à tous les habitants de cette région. Les Celtes, les Liguriens puis les Phocéens s'y installèrent. Elle avait été appelée Protè (première) par les colons helléniques qui s'étaient installés sur son rivage.
La présence d'une population romaine est attestée par la découverte sur l'île d'une stèle du premier siècle sous la ferme Notre Dame mais surtout par des salles pavées de mosaïques.
Saint Honorat qui fonda le monastère de Lérins serait venu se recueillir à Porquerolles. Plus tard un monastère adjoint à celui du Levant (succursale de Saint Honorat) a été construit dans l'île, il dépendait du couvent du Thoronet, autre abbaye cistercienne de la Provence.
Comme pour Port-Cros les habitants eurent à subir les pillages des pirates barbaresques. Les Sarrazins firent des raids sur l'île de 1198 à 1505. Pour lutter contre les pirates Charles II, comte de Provence et roi de Sicile, concéda l'île à Pierre Mègre de Toulon en 1304.
En 1471, Porquerolles appartenait à Palamède de Forbin, ministre du roi René.
En 1522 les chevaliers de l'ordre de Saint Jean de Jérusalem chassés de Rhodes par Soliman cherchèrent une base de repli. Ils demandèrent à François Ier de France l'autorisation de s'installer aux îles d'hyères. Finalement Charles Quint fit accepter au grand maître, Villiers de l'Isle Adam l'île de Malte.
En 1579, Henri III de France rachète Porquerolles aux comtes de Carcès. Le roi s'engage à maintenir la garnison de Porquerolles, en 1581 Alphonse d'Ornano est chargé du fort de Porquerolles, l'île sera donnée à son descendant François d'Ornano en 1637. Les attaques corsaires demeurent très fréquentes et l'entretien des installations militaires reste très aléatoire. Au décès de François d'Ornano, sa veuve vend l'île qui est érigée en marquisat au profit de François Molé, maître des requètes de Louis XIV.
En 1707, au cours de la guerre de succession d'Espagne, l'armée du duc Victor Amédée II de Savoie s'empare d'Hyères. Repoussés à Port-Cros, les savoyards s'emparent facilement de Porquerolles qui n'est guère défendue. L'île devient la propriété de la famille Lorraine de Lenoncourt en 1737. Au moment de la Révolution les Lenoncourt ayant émigré, la famille Marquant d'Hyères achète Porquerolles pour la somme de 34 800 francs.
En 1793, les Anglais occupent les îles d'Hyères en même temps que Toulon. Ils les quittent ravagées en 1794. Napoléon fait fortifier les îles pour lutter contre la présence anglaise en Méditerranée, les ouvrages de défense que l'on voit aujourd'hui datent de cette époque.
En 1856 le duc de Vicence, marquis de Caulaincourt, fils du célèbre diplomate achète l'île pour 80 000 francs. Il y laissera un excellent souvenir.
Porquerolles devient successivement la propriété de monsieur de Roussen en 1881 puis d'une compagnie foncière en 1905. La compagnie foncière de l'île de Porquerolles fit de grand travaux : centrale électrique, bassins de rétention d'eau. Mal gérée elle vint rapidement à bout des fonds de ses actionnaires et en 1912 Porquerolles fut vendue pour 1 000 100 francs à François Joseph Fournier. Fournier, fils d'un pauvre batelier belge, avait fini par faire fortune dans la prospection aurifère au Mexique, après des années d'une vie d'aventurier assez extraordinaire passant par le Canada, Panama et la Californie. À partir de son installation à Porquerolles et jusqu'à sa mort survenue en 1935, Fournier s'attela au développement d'une exploitation agricole à vocation philanthropique. En 1971, l'Etat confie au Parc national de Port-Cros la gestion et la mise en valeur des 1000 hectares de l'ancien Domaine Fournier qu'il vient d'acquérir sur l'île de Porquerolles. Le Parc devient propriétaire par dotation de l'Etat en 1985 de cette surface qui représente 75% de l'île.
