L'année scolaire 1939-1940 s'ouvre au moment précis où la France entre en guerre, la situation s'annonce vite confuse et une succession d'événements conduit le gouvernement à instituer un Service d'enseignement par correspondance.
Dès septembre, les populations civiles évacuent les régions de l'est. Des dizaines de milliers de jeunes, réfugiés au sud, sont à scolariser, venant alourdir les difficultés de gestion des effectifs scolaires, en effets dans le secondaire, ceux-ci doublent entre 1929 et 1939 passant de 10 848 garçons en sixième à 19 967). Priorité est donnée aux élèves des "lycées et collèges classiques et modernes", selon l'appellation d'alors.
De nombreux établissements d'enseignement sont par ailleurs "utilisés à d'autres usages" par les autorités militaires, lesquelles ont mobilisé la plupart des enseignants : en 1940, ceux-ci représentent la moitié des officiers de réserve de l'armée française alors que la portion des maîtres ne dépassait pas 10% des effectifs de l'encadrement en 1914.
Autre raison qui pousse les pouvoirs publics à ne plus laisser l'enseignement par correspondance à la seule initiative privée: les succès, variables sans doute mais bien réels et connus, de l'enseignement à distance en France même et à l'étranger.
Les ministres de l'éducation nationale, Yvon Delbos, et son homologue des finances, Paul Reynaud, obtiennent rapidement du président de la République, Albert Lebrun, que soit créé un enseignement par correspondance officiel. Après avoir fait remarqué que les circonstances interdisent des conditions de scolarisation normales et qu'il convient de "créer, pendant la durée des hostilités, un enseignement par correspondance qui suivra les mêmes programmes, les mêmes méthodes et sera donné par les mêmes maîtres que dans les établissements publics", les deux ministres estiment nécessaire "l'emploi d'un personnel de manipulation et d'un matériel spécial". À cette fin ils obtiennent que soit signé le 2 décembre 1939 le décret portant création d'une structure nationale d'enseignement par correspondance.
Présenté comme une création temporaire, ce service pallie mal les interruptions ou restrictions apportées du fait de la guerre aux études des élèves et les moyens accordés sont insuffisants. L'équilibre financier est prévu par la perception de droits trimestriels . Il semble que 900 inscrits fussent en fait enregistrées en 1940, à cause sans doute de l'impossibilité technique, matérielle et humaine de satisfaire les demandes.
Impossibilité aggravée par les événements : la débâcle, l'exode, la partition de la France en zones occupée et "libre" bouleversent le fonctionnement du service et imposent le bicéphalisme. À la rentrée 1940, un service s'installe à Paris dans les locaux de la guilde franco-britannique au 6 rue de la Sorbonne, un autre à Clermont-Ferrand. pour des raisons de fonctionnement administratif, le premier est rattaché au lycée Saint-Louis, le second au lycée Blaise Pascal.
Prenant acte de la situation créée par quatre années de guerre, le président du Conseil Pierre Laval signe le 30 mai 1944 un décret instituant, toujours à titre provisoire un Centre national d'enseignement par correspondance (CNEPC). Celui-ci bénéficie du régime administratif et financier d'un lycée et a son siège à Paris tout en étant autorisé à installer dans les régions une ou plusieurs annexes.
Les nouvelles autorités de la République qui entrent en fonction en septembre 1944 ne modifient pas ces dispositions : il est décidé le 12 septembre de supprimer les deux services créés fin 1940 et de valider l'institution du CNEPC. Il n'est plus alors question de "création temporaire", la croissance de la demande en enseignement par correspondance (1 413 inscriptions sont acceptées à la rentrée de 1944), les difficultés de remise en route du système éducatif national, l'arrivée massive d'élèves et d'adultes victimes d'une guerre qui, pour la première fois, a frappé les populations civiles plus encore que les populations engagées sont autant d'éléments qui légitiment un dispositif d'enseignement à distance. Cela oblige les pouvoirs publics à construire ce dispositif peu après l'avoir institué.