Le genre Cylindropuntia comprend 33 espèces et 9 hybrides naturels :
- Cylindropuntia abyssi
- Cylindropuntia acanthocarpa
- Cylindropuntia alcahes
- Cylindropuntia anteojoensis
- Cylindropuntia arbuscula
- Cylindropuntia bigelovii
- Cylindropuntia californica
- Cylindropuntia caribæa'
- Cylindropuntia cedrosensis'
- Cylindropuntia cholla
- Cylindropuntia ×congesta
- Cylindropuntia davisii
- Cylindropuntia ×deserta
- Cylindropuntia echinocarpa
- Cylindropuntia ×fosbergii
- Cylindropuntia fulgida
- Cylindropuntia ganderi
- Cylindropuntia imbricata
- Cylindropuntia ×kelvinensis
- Cylindropuntia kleiniæ
- Cylindropuntia leptocaulis
- Cylindropuntia lindsayi
- Cylindropuntia molesta
- Cylindropuntia ×multigeniculata
- Cylindropuntia munzii
- Cylindropuntia ×neoarbuscula
- Cylindropuntia prolifera
- Cylindropuntia ramosissima
- Cylindropuntia rosea
- Cylindropuntia sanfelipensis
- Cylindropuntia santamaria
- Cylindropuntia spinosior
- Cylindropuntia tesajo
- Cylindropuntia ×tetracantha
- Cylindropuntia thurberi
- Cylindropuntia tunicata
- Cylindropuntia versicolor
- Cylindropuntia ×viridiflora
- Cylindropuntia ×vivipara
- Cylindropuntia whipplei
- Cylindropuntia wolfii
Certaines espèces de ce genre ont été finalement attribuées au genre Opuntia, par exemple:
- Cylindropuntia imbricata est devenue Opuntia imbricata,
- Cylindropuntia whipplei est devenue Opuntia whipplei,
- Cylindropuntia ×munzii est devenue Opuntia munzii
