Une septicémie mortelle peut se produire lorsque les gros cathéters insérés dans le cou deviennent un terrain où se développe une infection. Les risques additionnels comprennent l'éventualité de saignements, éventualité fréquente, et dont la forme la plus redoutée chez le nouveau-né est le saignement intra-crânien. Chez l'adulte, les taux de survie sous ECMO sont de l'ordre de 60%, et on a parlé de patients restés sous traitement pendant plus de dix semaines. L'ECMO doit encore faire ses preuves chez l'adulte présentant un syndrome de détresse respiratoire aiguë.
Dans le traitement par voie veino-artérielle, les patients dont la fonction cardiaque ne récupère pas suffisamment vite pour cesser l'assistance par ECMO peuvent être réorientés vers un dispositif d'assistance ventriculaire (VAD, ventricular assist device) ou une transplantation.
Chez les nourrissons âgés de moins de 34 semaines de gestations, plusieurs systèmes physiologiques sont encore peu formés, en particulier la vascularisation cérébrale et la matrice germinal (germinal matrix), ce qui se traduit alors par une sensibilité élevée à de légères variations de pH, de PaO2, et de pression intracrânienne. Au vu du risque d'hémorragie intraventriculaires, c'est maintenant une pratique standard que de faire une échographie du cerveau avant de mettre le patient sous ECMO.