Un campanile signale l’église et la paroisse. Il est un peu plus élevé que la façade et dans le même alignement, ce qui le différencie de ceux des églises nouvellement construites à Paris, l'Église Notre-Dame-de-l'Arche-d'Alliance dans le 15 arrondissement ou Notre-Dame-de-la-Sagesse dans le 13 arrondissement. L’église s‘ouvre au sud directement sur la rue. Elle est toute revêtue de marbre clair en partie translucide. Ce riche matériau marque le caractère sacré de l’édifice et le distingue des immeubles alentour. La nuit, grâce à lui, l’église éclairée de l’intérieur devient source de lumière aux yeux des passants. Au pied du campanile, Alain Courtaigne a sculpté un saint François d’Assise jeune et dynamique, en marche vers Dieu, avec de nombreux détails en relief qui évoquent sa vie et sa quête spirituelle. Cette œuvre monumentale est réalisée dans un seul bloc de granite blanc provenant de Galice. Elle paraît surgir du trottoir à l’entrée du passage qui sépare l’église de l’immeuble voisin.
Franchissant l’une des trois grandes portes monumentales en bois d’essence rare (amazakoué), le visiteur pénètre dans le narthex, transition entre la rue et le sanctuaire proprement dit. L’orientation sud-nord du terrain a conduit les architectes Corinne Callies et Jean-Marie Duthilleul à édifier un vaisseau de forme elliptique qui offre 420 places assises et rappelle une nef ou une barque, symbole évangélique de l’Église. Le sol descend en pente douce vers l’autel. Sur le grand axe de l’ellipse sont successivement disposés : le baptistère, l’autel, puis l’ambon et enfin la grande croix, dorée et dressée devant une paroi vitrée qui sépare le sanctuaire d’un jardin.
L’église Saint-François est donc construite autour de la prière liturgique : l’autel, au centre de l’ellipse et de l’église, est entouré par deux tribunes comme deux mains rapprochées en coupe ou deux bras recueillant l’assemblée, constituée des fidèles et des prêtres qui ont leurs places réservées dans les bancs de couleur foncée. Dans la petite chapelle à droite en entrant, on trouve le tabernacle et une descente de croix du XIV siècle.
