Elle s'est reconvertie dans l'industrie pharmaceutique où elle a été directeur général des Laboratoires Fournier de 1997 à 2004, gérante d'Alliagis (depuis 2004).
Élisabeth Hubert est Présidente d'HaD France (depuis 2007); Présidente de la Fédération nationale des établissements d'hospitalisation à domicile (Fnehad) (depuis 2006), Membre du Haut conseil pour l'avenir de l'Assurance-maladie (depuis 2006), Administrateur du Laboratoire français de fractionnement et des biotechnologies (LFB) (depuis 2006), de TC Land (depuis 2006). Elle est actuellement Présidente de la Fédération Nationale des Établissements d'Hospitalisation à Domicile (FNEHAD).
Depuis janvier 2006, Élisabeth Hubert est membre du Haut comité d'évaluation de la condition militaire;elle est, à ce titre, ancien auditeur de l'Institut des hautes études de défense nationale (IHDN). .