Les parades nuptiales commencent dès le mois de mars. Au cours de la parade nuptiale, les faucons crécerelles s’adonnent à des poursuites aériennes qui peuvent être très bruyantes. Le mâle courtise sa femelle en lui apportant une proie. La femelle pond annuellement 2 à 7 œufs. Ceux-ci sont de couleur blanche à crème marquée de rouge brique. La nidification a lieu d'avril à août. La durée de l'incubation est de 27 à 31 jours. Les jeunes séjournent de 28 à 32 jours au nid. Puis après leur premier envol, les parents assureront leur apprentissage pendant encore environ 28 semaines. Seule la femelle couve régulièrement. Le mâle ravitaille la femelle.
Les faucons crécerelles ne construisent pas leur nid eux-mêmes. Ils nichent dans les vieux nids de pies ou de corneilles, dans les anfractuosités des murs, des arbres ou des rochers. Quelquefois ils nichent dans les tours, les vieux greniers ou les clochers. La cathédrale Notre-Dame de Paris abrite notamment une petite colonie nichant et vivant dans ses clochers. Il y a même des faucons qui nidifient dans les gratte-ciel de la Défense
Des webcam, placées dans des nids de faucons crécerelles, permettent de suivre une portée jusqu'à son envol. (Voir liens externes)