Sur le plan clinique, la récurrente à poux donne une courbe thermique très régulière, chaque récurrence, il y en a habituellement de 1 à 4, débutant 14 jours après le début de la précédente.
Après l'incubation muette de 1 à 10 jours, l'invasion brutale, avec fièvre d'emblée à 40 °C, ouvre la première période fébrile caractérisée par sa courbe rémittente avec pics vespéraux à 40 °C et plus, et rémittences matinales autour de 38 °C.
L'habitus du malade est également typique : il est couché en chien de fusil, tourné vers le mur dans une attitude de refus dictée par sa photophobie, des maux de tête violents, des rachialgies et myalgies avec douleurs thoraciques "en corset" et des douleurs vives des muscles abdominaux.
Le faciès est congestif mais la langue a gardé sa mobilité ; elle est humide et "soufrée". La peau sub-ictérique fait rechercher une hépatomégalie ; la rate est grosse, molle, en "éponge".
Enfin, un léger exanthème maculo-pétéchial, localisé au cou et au tronc, complète ce tableau, qui, malgré l'abattement du malade, ne comporte jamais de tuphos.
Après 5 à 7 jours, la fièvre s'effondre au-dessous de 37 °C et une première crise, urinaire, sudorale et diarrhéique vient clore ce premier épisode fébrile.
La rémission qui suit, période de fausse guérison, voit un mieux-être sensible (le malade veut sortir) mais il subsiste les signes d'alerte : lourdeur de la tête, insomnies et "rate accordéon". Elle va durer une semaine environ puis, le 14e jour après le début de la maladie, la température remonte brusquement, inaugurant le 2e épisode fébrile : la récurrence.
Le tableau clinique est pratiquement celui de la première crise.
L'évolution peut se faire alors selon diverses modalités :
- nouvelle rémission, suivie d'une ou plusieurs récurrences,
- défervescence définitive aboutissant à la guérison spontanée,
- apparition après cette défervescence de complications hépatiques, oculaires et génitales entraînant une mortalité de 5 %, 10 % et parfois même 50 %.
Ce pronostic est, de nos jours, complètement transformé par l'antibiothérapie très efficace contre Borrelia recurrentis.