Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Filicophyta (Polypodiopsida, Polypodiidae, Filicophytes ou Fougères s.s.), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Filicophyta ou Polypodiidae ├─o Tedeleaceae (éteint) └─o ├─o Botryopteridaceae (éteint) ├─? │ ├─? Sermayaceae (éteint) │ ├─? Psalixochlaenaceae (éteint) │ └─? Anachoropteridaceae (éteint) ├─o Hymenophyllopsidaceae (éteint) ├─o Osmundales ou Osmundaceae └─o ├─o Hymenophyllales ou Hymenophyllaceae ├─o Gleicheniales │ ├─o Gleicheniaceae │ └─o │ ├─o Matoniaceae │ └─o Dipteridaceae └─o ├─o │ ├─? Tempskyaceae (éteint) │ └─o Schizaeales │ ├─o Lygodiaceae │ └─o │ ├─o Anemiaceae │ └─o Schizaeaceae └─o ├─o Hydropteridales ou Salviniales s.l. │ ├─o Marsileaceae │ └─o Salviniales s.s. │ ├─o Hydropteris (éteint) │ └─o Salviniaceae └─o ├─o Cyatheales │ ├─o Thyrsopteridaceae │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Loxomataceae │ │ └─o │ │ ├─o Plagiogyriaceae │ │ └─o Culcitaceae │ └─o │ ├─o Metaxyaceae │ ├─o Cibotiaceae │ ├─o Dicksoniaceae │ └─o Cyatheaceae └─o Polypodiales ├─o Lindsaeaceae ├─o Saccolomataceae └─o ├─o Dennstaedtiaceae └─o ├─o Pteridaceae │ ├─o Cryptogrammoideae │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Pteridoideae │ │ └─o Ceratopteridoideae │ └─o │ ├─o Adiantoideae │ └─o Cheilanthoideae └─o ├─o │ ├─o Aspleniaceae │ ├─o Woodsiaceae │ ├─o Thelypteridaceae │ └─o │ ├─o Blechnaceae │ └─o Onocleaceae └─o ├─o Dryopteridaceae └─o ├─o Lomariopsidaceae └─o ├─o Tectariaceae └─o ├─o Oleandraceae └─o ├─o Davalliaceae └─o Polypodiaceae
 Azolla caroliniana (Azollaceae) |  Fougères arborescentes (Filicophyta), île des Pins (Nouvelle-Calédonie) |  Osmunda claytoniana (Osmundaceae) |
 Marsilea quadrifolia (Marsileaceae) |