Le Fort-Cigogne fut construit tardivement, à la demande du maréchal de Montesquiou en 1717, pour contrer l'occupation de l'archipel des Glénan par les corsaires anglais et hollandais. Une première étude reste en sommeil, le fort est finalement bâti en 1755, et occupe la moitié de l'île. C'est une combinaison de deux batteries, avec des casemates intérieures équipées en casernements, citerne, boulangerie et cachots. Les remparts en granit sont hauts de 7 m.
Il fut définitivement déclassé en 1899 : il reste en bon état, à l'exception des charpentes qui se sont effondrées. À la fin du XIX siècle, il servit de station météo au laboratoire de biologie marine de Concarneau.
En 1914-1918, pendant la guerre, des Concarnois occupèrent Fort-Cigogne. Ils eurent quelques problèmes de ravitaillement. En 1940-1945, une petite troupe allemande occupa le fort.
Fort Cigogne est désormais utilisé par les stagiaires du centre nautique des Glénans.
Une tourelle de 20 m, construite en 1911, surmonte le fort sur le rempart sud. Elle sert d’amer, point de repère encore bien utile aux nombreux plaisanciers qui font escale dans l’archipel. Peinte en blanc et noir cet amer sert de marque à la Marine nationale française pour des essais de vitesse entre Groix et les Glénan.
