Fumihiko Maki sait inventer son style propre, résolument moderne, mais respectueux des pulsions naturelles et des singularités de la culture japonaise.
Il se réfère souvent aux folles parties de cache-cache des enfants et aux « lieux de refuge et de perspective » qui leur permettent de voir sans être vus.
Il construit des chemins de circulation en boucle qui mènent à des places abritées offrant un but à atteindre.
Il introduit la notion de l'oku, ces couches spatiales imbriquées qui dissimulent mais ne cachent pas entièrement. Il s'oppose à l'architecture manichéenne, totalement opaque ou totalement transparente qui prolifère dans les villes modernes.
Concrètement son architecture est faite de béton, de métal et de verre, mais il sait aussi intégrer la mosaïque, l'aluminium anodisé et le bois dans les aménagements intérieurs. Au Japon, où les normes anti-sismiques sont draconiennes, il sait jouer sur la légèreté pour respecter ces contraintes.
Il sait conduire des projets sur des durées inhabituelles pour un architecte. L'exemple le plus frappant est le projet de zone d'habitations, de bureaux et de commerces de Hillside Terrace Complex, à Shibuya (Tōkyō). Il pilote le projet depuis la première phase en 1969 jusqu'à la quatrième phase en 1992.