Après plusieurs mois de travaux, de mai 2007 à décembre 2008, la rénovation de la gare est terminée et le nouveau pôle intermodal d'Évry-Courcouronnes est inauguré le 23 mars 2009 par Jacques Reiller préfet de l'Essonne, par Manuel Valls maire d'Évry et Stéphane Beaudet maire de Courcouronnes et par les représentants du Conseil général de l'Essonne, du STIF, de la SNCF et de RFF.
La rénovation de la gare concerne principalement le bâtiment de la gare : extérieurs et intérieurs, ainsi que ses accès et les cheminements à l'intérieur du bâtiment. L'éclairage, la signalitique, les dispositifs d'informations tels que les écrans ont été modernisés.
La rénovation a été réalisée dans le cadre du Plan de déplacements urbains en Ile de France. Les travaux ont été principalement réalisés sous les maîtrises d'ouvrage de :
- la SNCF pour le réaménagement du bâtiment de la gare ferroviaire ;
- la DDE pour le renforcement de la structure du bâtiment ;
- la Communauté d'agglomération Évry Centre Essonne pour le réaménagement des deux gares routières ;
- la Communauté d'agglomération, le SMITEC et la société d'économie mixte TICE pour la construction de l'Agence de Bus Centre Essonne ;
- Réseau ferré de France pour les accès aux quais.
La partie souterraine de la gare n'est pas concernée et devrait faire l'objet d'une rénovation qui n'est pas encore planifiée ni financée.
Des travaux de rénovation de la gare annexe sont en cours de réalisation et seront livrés en octobre 2009.
Le nouveau pôle intermodal comprend sur trois niveaux :
- la gare SNCF desservie par 192 trains par jour, avec 8 trains par heure et par sens aux heures de pointe ;
- deux gares routières desservies par 23 lignes de bus et de cars desservants 20 communes du département ;
- un parking de 440 places (payant depuis le 1 juin 2009) ;
- une station de taxis ;
- une aire de dépose minute ;
- des services liés aux transports.