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Ernst Haeckel a inventé en 1866 le terme « écologie »
L'écologie en tant que science est généralement considérée comme récente, étant seulement devenue prééminente dans la seconde moitié du XX siècle. Le terme « écologie » vient du grec oikos (« maison », « habitat ») et logos (« science », « connaissance ») : c'est la science de la maison, de l'habitat. Historiquement, il fut inventé en 1866 par le biologiste allemand Ernst Haeckel, bien que l'essayiste et poète américain Henry David Thoreau l'ait peut-être employé dès 1852. Il semble avoir été utilisé pour la première fois en français vers 1874. Dans son ouvrage Morphologie générale des organismes, Haeckel désignait en ces termes:
« (...) la science des relations des organismes avec le monde environnant, c'est-à-dire, dans un sens large, la science des conditions d'existence. »
Néanmoins, ce qu'on pourrait appeler la pensée écologique est présente depuis une période relativement longue, et les principes fondamentaux de l'écologie furent développés progressivement, intimement liés au développement d'autres disciplines biologiques. Ainsi, un des premiers écologistes a pu être Aristote ou peut-être un de ses élèves, Théophraste, tout deux s'étant intéressés à de nombreuses espèces animales. Théophraste décrivit les relations entre animaux ainsi que les relations entre les animaux et leur environnement dès le IV siècle av. J.-C..