Sous le Consulat, sont fondés les premiers lycées (en 1802), à côté desquels subsistent des collèges considérés comme secondaires. La grande réforme de Napoléon I est celle de la constitution de l'Université impériale, avec la loi du 10 mai 1806 et surtout le décret du 17 mars 1808. Ce dernier inscrit, sous le nom de « logique », la philosophie parmi les matières nécessaires de l'enseignement secondaire . L'année suivante, un règlement remplace ce mot par celui de philosophie, et un arrêté de 1810 étendit à tous les lycées cette disposition .
Outre les dispositions institutionnelles, ces textes organisent le monopole de l'enseignement d'État. Selon le décret, les différents ordres d'enseignement sont les facultés, les lycées, les collèges, les institutions, les pensionnats et les écoles primaires.
Les écoles de médecine et de droit reprennent le nom de facultés, pendant que sont créées des facultés des lettres et des sciences.
Sous la Restauration, l'ordonnance du 29 février 1816 marque un tournant dans l'enseignement. Elle établit un comité cantonal chargé de la surveillance des écoles. Elle oblige, dans son article 14, les communes à « pourvoir à ce que les enfants qui l'habitent reçoivent l'instruction primaire, et à ce que les enfants indigents la reçoivent gratuitement », celles-ci pouvant se regrouper pour remplir cette obligation.
L'administration de l’évêque d'Hermopolis Denis Frayssinous (ministre de l'Instruction publique en 1824-1827), institua une agrégation spéciale de philosophie (1825) . Le même ministre fit dresser la liste des questions qui devaient être traitées devant les élèves et sur lesquelles devait porter l'examen du baccalauréat. Ce programme, qui date de 1823, comprend la morale, la métaphysique et la logique, qui comprenait elle-même une bonne partie de la psychologie. Selon le sociologue Émile Durkheim:
« Si donc on s'en tient à l'organisation purement extérieure et matérielle [de la philosophie], les innovations de Cousin [ Ministre de l'Instruction publique en 1840] se réduisirent à substituer le français au latin comme langue usuelle de la philosophie, et à donner au programme un peu scolastique qui existait avant lui un caractère plus moderne. Mais s'il n'eut pas à créer de toutes pièces cet enseignement, il en transforma complètement l'esprit, en lui assignant pour la première fois une fonction sociale et pédagogique de la plus haute importance. »
Au cours du XIX siècle, les gouvernements successifs s'efforcent d'améliorer l'enseignement primaire, tout en devant accepter ou lutter contre la volonté de l'Église catholique de contrôler la formation intellectuelle et morale des jeunes Français. Avec la loi Guizot de 1833, les communes de plus de 500 habitants sont tenues d'avoir une école de garçons. Guizot encourage aussi la fondation d'écoles primaires supérieures destinées à améliorer la formation générale et professionnelle des élèves de l'école primaire issus de familles modestes et qui ne pourraient accéder aux collèges et lycées.
La Loi Falloux (1850) cherche à développer l'enseignement primaire en fixant le principe d'une école de garçon dans toutes les communes et d'une école de filles pour « celles qui en ont les moyens ». Elle officialise la dualité des systèmes d'enseignement, à côté d'un enseignement public financé par l'État peut se développer un enseignement "libre" essentiellement formé d'écoles catholiques. De plus, elle confère à l'Église catholique, un droit de contrôle très important sur l'organisation, les programmes et la nominations des maitres de l'enseignement public. L'enseignement secondaire des jeunes filles est relancé avec la création, en 1867, des lycées de jeunes filles, auxquelles toutefois seules les plus fortunées accèdent.
Cependant, malgré des projets en ce sens après la Révolution de 1848, aucun gouvernement jusqu'en 1880 n'instaure l'obligation d'éducation. C'est là que va résider l'une des grandes nouveautés de Jules Ferry.