Une abbaye est fondée sur l'île au V siècle. Il s'agit du premier établissement monastique de la région lyonnaise et l'un des plus anciens de la Gaule. Charlemagne la dote d'une belle bibliothèque. Le monastère, pillé à plusieurs reprises (en 676, 725 et 945), adopte la règle de saint Benoît au IX siècle et gagne progressivement en puissance, avant d'être dévasté et incendié en 1562 par les troupes protestantes.
En 1827, un pont suspendu est construit, enjambant l'île au niveau de sa pointe sud et permettant de la relier aux rives droite et gauche de la Saône, aux villages de Saint-Rambert (actuellement Lyon 9) et de Caluire-et-Cuire. Pour plus d'informations sur ce pont suspendu on peut consulter la page consacrée aux Ponts de Lyon. Dans les années 1870-1880, trois clubs d'aviron réputés s'y sont installés : L'Aviron Club de Lyon-Caluire, l'Aviron Union Nautique de Lyon et le Cercle de l'Aviron de Lyon.