Sous l’autorité du ministre chargé de l’éducation et du ministre chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche, l’IGAENR a « une mission permanente de contrôle, d’étude, d’information, de conseil et d’évaluation », notamment en matière administrative et financière.
Elle est chargée en particulier de contrôler l’emploi des fonds publics consentis à des organismes publics ou privés œuvrant en matière d'éducation ou de recherche.
À l’égard des services déconcentrés (académies, inspections académiques, vice-rectorats) ou des établissements publics ayant une fonction d’éducation, elle effecue des missions d’audit.
Les inspecteurs généraux de l’administration de l’Éducation nationale et de la recherche participent également à la gestion des personnels, surtout le personnel d'encadrement (secrétaires généraux d’administration scolaire et universitaire, chefs d'établissements), en participant à leur recrutement (jury de concours), à leur formation et à leur évaluation.
Désormais, l’IGAENR et l’IGEN reçoivent chaque année une lettre de mission du ministre et publient un rapport conjoint.
L’IGAENR se voit souvent confier des missions sur un sujet particulier, parfois avec l’aide de l’un ou l’autre des deux autres services d’inspection générale du ministère. Elle peut aussi être mandatée par le Premier ministre ou exercer des missions auprès de gouvernements d’autres pays.