L'Institut est créé par décret le 26 août 1991. Il s'agit d'un organisme sans murs dont les membres restent dans leurs propres universités (deux tiers au moins des membres de l'IUF appartiennent à des universités en dehors de Paris).
Le but de l’IUF est de donner à ses lauréats pleine liberté pour se consacrer à leurs recherches et de leur donner les moyens de les diffuser. Il constitue un espace fort de l’excellence de la recherche française, comme en témoigne le rayonnement international de ses membres.
Environ 1% du total des enseignants-chercheurs français sont membres (actifs ou honoraires) de l'IUF.
Chaque année, un colloque réunit l'ensemble des membres de l'IUF afin de permettre des échanges au plus haut niveau de la recherche française.
L'IUF se compose de deux types de membres, tous enseignants-chercheurs, professeurs ou maîtres de conférences, en poste dans une université française :
- les membres seniors ;
- les membres juniors (âgés de moins de 40 ans).
De plus, environ dix professeurs étrangers peuvent être invités chaque année.
Les membres sont élus pour une durée de cinq ans (non renouvelable pour les juniors, renouvelable une fois pour les seniors).
- Ils sont placés en position de délégation auprès de l'IUF, mais demeurent dans leur université d'appartenance.
- Ils bénéficient d'un allégement des 2/3 de leur service statutaire d'enseignement.
- Des crédits de recherche spécifiques sont versés chaque année à leur équipe ou leur laboratoire. La somme est, depuis la promotion 2009, de 20 000 euros par an.
- Ils bénéficient automatiquement de la prime d'excellence scientifique (PES).
- Des moyens matériels (bureau et salles de réunion) sont mis à leur disposition au siège de l'IUF.
- Un rapport d'activité leur est demandé à mi-parcours et à l'issue des 5 ans de leur délégation.
- Les membres de l'IUF doivent contribuer au rayonnement scientifique local, national et international dans un souci délibéré d'interdisciplinarité.