Départements
L'IUE se compose de quatre départements de recherche en sciences sociales et humaines :
- département d'histoire et civilisation ;
- département de sciences juridiques ;
- département de sciences économiques ;
- département de sciences politiques et sociales ;
- Académie de droit européen.
Centre Robert Schuman
L'Instut comprend également un centre d'études avancées en recherche sur les politiques publiques (Robert Schuman center for advanced studies - RSCAS).
Archives historiques de l'Union européenne
Créées en 1984, les Archives historiques de l'Union européenne (AHUE) sont confiées à l'IUE qui a pour mission de les conserver et de les rendre accessibles au public.
Elles se composent des archives des institutions de l'Union européenne et des structures qui l'ont précédée (Communauté économique européenne, Euratom, CECA), rendues accessibles après un délai de trente ans.
Depuis 2004, les AHUE accueillent également les archives privées des personnalités, mouvements et organisations internationales (OCDE, Agence spatiale européenne) ayant contribué à la construction européenne.
Programme post-doctoral Max Weber
Dirigé par Ramon Marimon, le Programme post-doctoral Max Weber a été créé en 2005 afin de préparer de jeunes diplomés à leur future carrière professionnelle dans l'espace européen de l'éducation (agenda de Lisbonne).
Financé par l'Union européenne, il constitue « le plus vaste dans le domaine des sciences sociales en Europe ».
Autres programmes post-doctoraux
L'IUE a mis en place plusieurs programmes attribuant des bourses post-doctorales :
- Programme Jean Monnet (au sein du Centre Robert Schuman)
- Programme Sénior Fernand Braudel
- Programmes externes « Marie Curie », « Fondation Canon », « Académie de Finlande »
