Le lac Eyre occupe le fond d'une vaste cuvette endoréique dont le niveau est inférieur à celui de la mer. La dépression est en fait constituée de deux ensembles, le lac nord s'étendant sur 144 km du nord au sud et 65 km d'est en ouest et le lac sud, moins étendu, 65 km d'est en ouest et seulement 24 km du nord au sud. Ces deux lacs communiquent entre eux par un chenal étroit, le chenal de Goyder, long de 15 km et d'une largeur comprise entre 200 et 1 500 m. Le fond du lac nord s'incline légèrement du nord vers le sud (de 5 m environ), la partie la plus basse se localisant donc dans sa partie méridionale, dans le golfe de Madigan, atteignant 15 m au-dessous du niveau de la mer. Le fond du lac sud atteint - 12 m, tandis que le chenal de Goyder descend jusqu'à - 9 m.
En temps normal, le lac ne contient pas d'eau, la surface est couverte d'une fine pellicule de sel sauf dans sa partie méridionale, plus basse (ou profonde lorsque l'eau est présente), où les eaux se concentrent en période de pluie avant de s'évaporer. Ainsi dans le golfe de Madigan et la baie de Belt s'est formée une véritable croûte de sel, épaisse de 10 à 40 cm, qui recouvre une fine couche de boue noire d'origine organique. Cette croûte, blanche ou rose, forme parfois des « crêpes de sel » évoquant les pancake ice des mers polaires. Le lac sud, également recouvert par une fine couche de sel, présente une zone boueuse inaccessible dans sa partie occidentale.
Cette situation peut paraître paradoxale car le lac Eyre est l'exutoire de nombreux cours d'eau et le centre d'un vaste bassin hydrographique d'une superficie de 1 140 000 km². Mais ces cours d'eau ne coulent qu'épisodiquement, le bassin du Lac Eyre se trouvant dans une des parties les plus arides du désert australien avec des précipitations annuelles moyennes partout inférieures à 200 mm et souvent proches des 125 mm. La Diamantina qui se jette dans le lac, dans la partie la plus septentrionale de ce dernier, par deux chenaux différents (le Warburton et le Kallakoopah) et le Cooper Creek qui atteint son exutoire dans la partie orientale, naissent dans des régions plus arrosées, mais durant leur parcours dans le grand bassin artésien, les deux fleuves s'affaiblissent progressivement et leurs eaux n'atteignent que rarement le lac Eyre.