Vu la découverte récente de l'espèce et l'étroitesse de la zone où vit le macaque d'Arunachal, il est évident que la taille des populations est faible. Les seules études disponibles font état de 35 groupes totalisant 569 individus, soit environ 16 individus par troupe. Des informations recueillies auprès des populations locales mentionnent la possibilité de 25 groupes supplémentaires dans la région. Dans le district de Tawang où le plus grand nombre d'individus ont été répertoriés, la densité a pu être estimée à 0,94 groupe et 22,01 individus/km².
Ces études montrent également que le macaque d'Arunachal vit dans des habitats modifiés par l'homme et qu'il peut même y atteindre des densités importante. En revanche, s'il tolère facilement le facteur anthropique, il est régulièrement l'objet de chasse pour les dommages qu'il cause dans les cultures dans cette zone montagneuse de l'est de l'Himalaya où la vie rurale est particulièrement difficile. Ceci souligne l'urgence d'une conservation concertée avec les populations humaines locales.