Quelque mois après le second opus, le WWW se remet à faire des siennes. Cela ne peut vouloir dire qu'une chose : le docteur Willy n'était pas mort et a repris du service.
Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue.
Le docteur Willy cherche à libérer un programme, Alpha, qui a été emprisonné à sa création car incontrôlable. Ayant rassemblé une nouveau groupe de cyber-criminels, il recherche les partie du programmes de la barrière de la prison d'Alpha. Par un pur hasard, à chaque fois qu'un des membres de WWW cherche l'une des parties du programme, Lan Hikari se trouve être dans les parages.
Tous les efforts pour arrêter le docteur Willy sont vains et le programme est finalement libéré, menaçant de provoquer l’effondrement et la destruction du Réseau. Mais, même Willy n'avait pas prévu qu'Alpha se retournerai contre lui, provoquant ainsi la fin du diabolique docteur. Enfin, après un combat acharné, Lan et Megaman.EXE arrivent à venir à bout du programme dévastateur.