En 1896, à l'époque de l'empire d'Autriche-Hongrie, le ministère des Chemins de fer, compétent uniquement pour la partie autrichienne du territoire impérial, est créé. Lorsque le pays devient indépendant en 1918, le ministère devient l'office d'État pour les Transports, puis fusionne en 1920 avec le ministère fédéral du Commerce pour former le ministère fédéral du Commerce, de l'Artisanat, de l'Industrie et de la Construction. Rebaptisé ministère fédéral du Commerce et des Transports en 1923, il disparaît avec l'Anschluß de 1938.
Suite au rétablissement du pays en 1945, un office d'État pour l'Industrie, l'Artisanat, le Commerce et les Transports est brièvement mis en place, avant de se séparer en trois : le ministère fédéral du Commerce et de la Reconstruction, le ministère fédéral des Transports et le ministère fédéral de l'Électrification et de l'Énergie. Les deux derniers sont réunis en 1949 dans le ministère fédéral des Transports et des Industries nationalisées, qui devient sept ans plus tard le ministère fédéral des Transports et de l'Électricité.
Il est renommé en ministère fédéral des Transports et des Entreprises nationalisées en 1966, puis prend le titre de ministère fédéral des Transports en 1970, avant d'être rebaptisé en 1985 ministère fédéral de l'Économie publique et des Transports.
En 1996, il fusionne avec le ministère fédéral de la Science pour constituer le ministère fédéral de la Science, des Transports et des Arts. Il perd un an plus tard ses compétences artistiques, et prend son nom actuel en 2000, sur décision de la première coalition noire-bleue.