Mycoplasma genitalium est un petit parasite, une bactérie de très petite taille, à très petit génome et dépourvues de paroi cellulaire dure, mais dotée d'une extrémité spécialisée dans l’adhérence aux cellules hôtes (cette extrêmité est appelée « tip »). Elle vit dans l'épithélium cilié de certaines cellules, uniquement dans le tractus urogénital des primates (homme compris) et dans les voies respiratoires .
M. genitalium est la plus petite bactérie vivante connue et la seconde plus petite bactérie depuis la découverte de Carsonella ruddii. Jusqu'à la découverte de Nanoarchaeum en 2002, M. genitalium était également considérée comme étant l'organisme avec le plus petit génome (à part les virus).
Des co-infections sont possibles avec d'autres mycoplasmes et/ou avec d'autres pathogènes. Le nombre de bactérie par ml d'échantillon est très variable : Dans une étude tunisienne ayant porté sur 20 malades pour 186 ayant consulté pour urètrites, les quantités de bactéries trouvée variaient de 4x10 à 2x10 bactéries/ml dans les échantillons analysés .