Entre le début du XIX siècle et la fin du XX siècle, le cours du Nant d'Avril est fortement modifié par plusieurs canalisations et un enterrement partiel. Ces travaux sont rendus nécessaire par l'augmentation du débit dû à la fois à l’urbanisation de son bassin versant ainsi qu'à l’extension des surfaces viticoles.
Dès 1921, les marais bordant le Nant d'Avril sont progressivement drainés et asséchés jusqu'en 1945. Parallèlement, en 1944, la construction du barrage de Verbois impose un réaménagement du Bras de Peney. En 1955, le ruisseau est canalisé pour éviter les débordement et inondations dans la cité de Meyrin puis le long de la route du Mandement dès l'année suivante et jusqu'en 1967. Cette même année, le Conseil d'État accorde au CERN l’autorisation de déverser des eaux de refroidissement dans le Nant d’Avril.
En 1963, une station d’épuration est mise en fonction sur le cours du ruisseau. Elle est par la suite étendue et rénovée en 1982. En 2003, un projet d'extension supplémentaire est annoncé, provoquant la création d'une association de quartier opposée à cette nouvelle construction.
La ville de Meyrin lance en 2007 un vaste projet d'assainissement des collecteurs d'eaux en divisant le réseau actuel en deux réseaux séparés : l'un pour les eaux usées, l'autre pour l'eau pluviale qui rejoint le Nant d'Avril en transitant par le futur lac artificiel des Vernes dont le rôle est également de prévenir les crues du nant lors de précipitations importantes.
Dans les environs du cours du ruisseau, plusieurs établissements sont nommés en son honneur, en particulier une route, un restaurant, une résidence pour personnes âgées et une station d'épuration.