Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue.
Matrix
Thomas Anderson est l'un des milliards d'êtres humains connectés à la Matrice, inconscient que le monde dans lequel il vit pourrait être autre chose que celui qu'il voit. Dans ce monde simulé, il a une double vie. Le jour, il est un citoyen honnête, qui travaille en tant que programmeur pour la « respectable entreprise de software » Metacortex. Mais la nuit, Anderson est également un pirate qui pénètre illégalement dans des systèmes informatiques pour y voler des informations, sous le pseudonyme de « Néo ». C'est dans cette vie de pirate que Néo entend parler de la Matrice. Elle est décrite par Morpheus, véritable légende dans le monde du piratage, comme quelque chose que Néo aurait ressenti toute sa vie (comme il le dit lui-même « Il y a quelque chose qui ne tourne pas rond dans le monde »).
Pendant des années, Néo a recherché ce supposé terroriste qu'il croit être le seul capable de lui expliquer ce qu'est la Matrice. Mais ce qu'Anderson ne sait pas, c'est que Morpheus était lui aussi à sa recherche.
Néo est contacté pour la première fois via l'écran de son ordinateur. En suivant un indice laissé par ce dernier, il trouve Trinity, qui lui parle de Morpheus. Contacté par ce dernier, Néo est capturé par des Agents, des programmes chargés de protéger la Matrice. L'Agent Smith lui propose de coopérer avec eux et Néo refuse. Il s'enfuit avec l'aide de Morphéus par la suite.
Néo rencontre Morpheus, qui lui offre de prendre soit la pilule bleue, qui lui fera récupérer une vie normale, soit la pilule rouge, qui lui permettra de savoir ce qu'est la Matrice. Néo prend la pilule rouge.
Il apprend ce qu'est la Matrice et entreprend de mieux la connaître. Selon Morpheus, Néo est « l'Élu », un homme né dans la Matrice qui pourrait sauver les humains des Machines. Au retour d'une visite à l'Oracle, Morpheus se fait capturer. Néo, accompagné de Trinity, le sauvera mais restera prisonnier de la Matrice. Il combattra et vaincra l'Agent Smith après que ses véritables pouvoirs se seront révélés.
Matrix reloaded
Matrix Reloaded est le deuxième volet de la trilogie Matrix. On y retrouve les personnages du premier film, qui vont de nouveau évoluer dans le double univers terrestre (dans la cité de Zion) et dans la matrice.