On a récemment constaté qu'en milieu aquatique, ce rythme naturel influait fortement les petites migrations quotidiennes (déplacement horizontaux et verticaux, appelés Migration verticale) et l'activité de certaine espèces planctoniques tels que les daphnies, d'autres invertébrés aquatiques et organismes *zooplancton*iques) et même des poissons.
Les rythmes circadiens pouvant aussi varier avec l'âge de l'alevin et le juvénile, par exemple chez les cyprinidés dont le sandre étudié dans le Rhône.
Chez certaines de ces espèces, la lumière de la lune peut aussi interférer avec ce cycle ; divers invertébrés aquatiques (dytique par exemple) ont une activité et une mobilité inhibée par la lumière lunaire, d'autant plus qu'on est proche de la pleine lune et que le ciel est dégagé.
Une hypothèse explicative, encore à prouver, est que pour un grand nombre d'espèces, les déplacements dans le noir total exposeraient visuellement moins les proies à leurs prédateurs, et que dans le noir total, les prédateurs nocturnes sont également moins exposés à leurs super-prédateurs. De plus, le prédateur s'il a plus de chance de repérer ses proies sous un faible éclairage (lune ou luminaire) a également plus de risque d'être repéré par ces mêmes proies. Les prédateurs (hormis ceux qui sont adaptés à la chasse en environnement nocturne tels que par exemple les chauve-souris équipée d'un système d'écholocation des proies à l'aide d'ultrasons, certains félins dotés d'une bonne audition et d'une bonne vision nocturne ou certains serpents chassant à l'odeur et repérant les infrarouges). La mélatonine est l'hormone qui semble contrôler l'activité des espèces selon ce rythme.
Certains de ces rythmes de déplacements sont depuis longtemps connu des braconniers, pêcheurs et chasseurs qui les exploitent pour mieux capturer certaines espèces (civelle et anguille par exemple). Ces rythmes de déplacements pourraient aussi avoir une importance pour la lutte contre certains parasites et pathogènes véhiculés par des invertébrés aquatiques (paludisme, onchocercose...).
Remarque : quelques espèces de champignons (myxomycètes) ou organismes végétaux (algues munies de flagelles) peuvent aussi se déplacer activement, de jour ou de nuit. La lumière a également une influence sur leur activité.