Autrefois connue sous le nom d'Hurricane Hydrocarbons Ltd., la compagnie a été fondée en 1981 en opérant dans l'Ouest canadien. Elle s'est internationalisée et développée après plusieurs découvertes majeures de pétrole au Kazakhstan méridional. En 1996, elle a acheté Yuzhneftegaz du gouvernement kazakh, devenant ainsi un des plus grands acteurs dans ce pays. Cependant, la compagnie eu de graves problèmes vers la fin des années 1990. Le pétrole de toute la compagnie devait passer par des raffineries possédées par Central Asian Industrial Holdings, qui ont usé de leur monopole pour demander des prix élevés. En même temps, les prix du pétrole ont plongé. En 1999, la compagnie était en procédure de faillite et s'est presque dissolue.
La compagnie a été sauvée par Bernard Isautier, un membre du conseil qui avait été longtemps impliqué dans l'industrie pétrolière canadienne et en Asie centrale. Il est devenu PDG et a négocié une fusion avec Central Asian Industrial Holdings. Ceci a par la suite rendu les investisseurs des deux compagnies très riches, particulièrement Isautier qui n'avait exigé aucun salaire et n'avait d'abord été payé qu'en options d'achat d'actions. L'augmentation rapide en valeur des actions a fait à Isautier de loin le directeur le plus généreusement rémunéré au Canada en 2004. En 2003, la compagnie a été renommée PetroKazakhstan pour refléter que ses opérations se situent entièrement dans ce pays.