Pilus (ou fimbriae, pluriel pili) : Appendice se situant à la surface de la paroi de nombreuse bactéries à Gram négatif (et exceptionnellement des bactéries à Gram positif), plus courts et plus fins que des flagelles, ils n'ont rien à voir dans la mobilité. On les distingue en deux catégories : les pili communs et les pili sexuels (qui, malgré cette appellation, n'ont rien à voir avec la reproduction, mais plutôt avec la transmission et son codage).
Les pili communs sont des structures protéiques filamenteuses, de 2 à 3 µm de long, disposées régulièrement à la surface de la paroi bactérienne. Ils sont constitués par la polymérisation d'une protéine (polypeptide) : la piline, assemblée à d'autres polypeptides mineurs dont l'adhésine. L'adhésine des pili communs peut avoir des interactions avec un récepteur cellulaire hydrocarboné (glycolipides ou glycoprotéines) présent à la surface membranaire de cellules eucaryotes ; ce qui donne un rôle dans le pouvoir pathogène aux pili communs. (ex.: de certaines Salmonella se fixant sur les cellules intestinales provoquant des Salmonelloses : fièvres typhoïdes, paratyphoïdes et gastro-entérites pouvant aller jusqu'à des perforations intestinales et hémorragies internes).
Les gènes nécessaires à l'assemblage et fonctionnement de complexes pili-adhésine peuvent être transmis par l'intermédiaire de plasmides (voir pili sexuels) ou faire partie intégrante du chromosome bactérien.
Plus longs et en nombres plus restreints (dépassant rarement 3), les pili sexuels sont codés par des plasmides (facteur F). Ils jouent un rôle essentiel dans la conjugaison bactérienne : transmission de plasmides codants pour un caractère (pouvoir pathogène, résistance aux antibiotiques (facteur R), synthèse de protéines...) d'une bactérie mère à une bactérie fille. Les pili sexuels sont donc, en partie, responsables de la propagation de germes de plus en plus résistants aux antibiotiques. Si les bactéries sont suffisamment compatibles la transmission de plasmides peut se faire entre bactéries d'espèces différentes.
Les pili sexuels abritent également des récepteurs de bactériophages spécifiques.