L'enrichissement d'uranium, nécessaire à la construction d'une bombe atomique, est abandonné par le nouveau président civil Raul Alfonsin (1983-1988) , qui était sous pressions pour renégocier la dette externe de l'Argentine. Le programme nucléaire est alors mis sur pause dans les années 1980, et un entrepreneur sans expérience en science et technologie, Alberto Costantini, est nommé à la place de Président de la CNEA.
Les effets de la mauvaise gestion de Costantini se font immédiatement sentir. Des départs volontaires sont organisés, car le néolibéralisme montant considère le personnel scientifique et technique comme un parasite de l'État, et non plus un dépositaire du savoir technologique de la Nation. L'asphyxie budgétaire réduit la productivité de ceux qui restent. Beaucoup de physiciens et ingénieurs nucléaires argentins doivent émigrer, faut de projets; une partie se reconvertit dans l'aérospatial.
Malgré ces difficultés -ou ce qui semble plus plausible, à cause d'elles-, le plan nucléaire de la Commission nationale de l'énergie atomique (CNEA) a exporté des technologies nucléaires au Pérou, en Algérie, en Égypte (réacteur à uranium enrichi d'Inshas, mis en service en 1997) et en Australie (construction du réacteur OPAL par la firme argentine INVAP). En liaison avec la Chine, l'Argentine avait aidé l’Algérie à se doter de deux réacteurs nucléaires expérimentaux, Nour basé à Draria (inauguré en 1989) (Alger) et Salam à Aïn Oussara (Djelfa, en service depuis 1993) .
La holding ENACE devait diriger la construction d'Atucha II, dans laquelle 10 millions de dollars par an sont investis dans l'entretien , mais les travaux furent interrompus sous Carlos Menem (1988-1999), en 1994 .
La même année, les centrales Atucha et Embalse, dirigés par la CNEA, passent sous le contrôle de Nucleoeléctrica Argentina (NASA). Associée à l'Agence internationale de l'énergie atomique (AIEA), la NASA possède trois centres (à Bariloche, Constituyentes et Ezeiza) ainsi qu'un complexe à Pilcaniyeu (dans le département du même nom).
La coopération avec l'Iran
Voir aussi : Programme nucléaire de l'Iran.
Le manque de budget avait acculé les responsables du programme nucléaire argentin à chercher à exporter technologie afin de se procurer de l'argent. Un accord de coopération est signé alors avec l'Iran par Raul Alfonsin (1983-1988) . En 1991, sous pression de Washington, , Carlos Menem le suspend unilatéralement . L'année suivante, l'ambassade d'Israël à Buenos Aires est dynamitée, et en 1994, une mutuelle juive (AMIA) suit le même sort.
En octobre 2006, les procureurs fédéraux argentins en charge de l'attentat de l'AMIA du 18 juillet 1994 et de l'attentat de 1992 contre l'ambassade d'Israël à Buenos Aires ont accusé Téhéran et le Hezbollah libanais d'avoir été à l'origine de l'attaque, affirmant qu'il s'agissait de représailles à la cessation de l'accord de coopération nucléaire . La thèse est néanmoins discutée , y compris par La Nación qui souligne le manque de preuves dans l'enquête , tandis que de nombreuses irrégularités ont émaillés le procès au cours des années .
Suscitant davantage de questions que de réponses, les rapports des procureurs montrent que Buenos Aires n'avait jamais totalement arrêté la coopération, livrant de l'uranium faiblement enrichi à Téhéran . Selon Gareth Porter, le rapport lui-même sape les accusations, d'une part parce que la coopération n'avait jamais complètement cessé, d'autre part parce que Buenos Aires était sur le point de la renforcer, des négociations pour remettre à plein régime les trois accords étant en cours avec l'Organisation de l'énergie atomique d'Iran (OEAI) . L'Iran a attendu 1996 avant de déclarer qu'elle allait prendre des mesures légales contre la rupture de deux contrats avec l'Argentine .