Le ragondin, par son mode de vie et sa qualité d'espèce invasive, influence et transforme considérablement son habitat, et est classé parmi les nuisibles dans plusieurs pays européens, dont la France.
Il est accusé en particulier de :
- Dégradation et mise à nu des berges favorisant leur érosion progressive ;
- Fragilisation des fondations d’ouvrages hydrauliques par le réseau de galeries ;
- Dégâts causés aux cultures (céréales, maraîchage, écorçage dans les peupleraies…) ;
- Menace sur certaines espèces végétales (surtout aquatiques) à cause d’une surconsommation ;
- Destruction des nids d'oiseaux aquatiques ;
- Possibilité de transmission de maladies telles que la douve du foie ou la leptospirose.
Selon une étude publiée dans l'Ecological Society of America, le ragondin a été classé en tête des 10 espèces exotiques les plus nuisibles d'Europe. À ce titre, les ragondins sont également officiellement répertoriés par le projet européen Daisie (Deliverling Alien Invasive Species Inventories for Europe) parmi les 922 espèces les plus envahissantes.
En Italie, entre 1995 et 2000, malgré un plan de lutte de 3 millions d'euros, les dégâts causés par l'animal aux berges et à l'agriculture ont été estimé à 11 millions d'euros).
En France, il est inscrit officiellement sur la liste des animaux susceptibles d'êtres classés nuisibles. Dans certaines régions, il a fait l'objet de plans de lutte collectifs, à l'échelle de dizaines de communes. Les méthodes de lutte contre le ragondin sont les mêmes que celles autorisées pour les autres espèces nuisibles : tir au fusil, tir à l'arc, piégeage, déterrage... L'empoisonnement, interdit depuis 2006, a été responsable d'importantes nuisances sur l'environnement, tuant d'autres animaux et représentant un risque sanitaire pour l'homme.
À l’inverse, lorsque sa densité n'est pas trop importante, cette espèce joue un rôle positif dans l’entretien de la végétation des marais (roseaux, lentilles d’eau).