Premiers rapprochements institutionnel
Le PRES Sorbonne Universités est l'une des entités qui ont succédé au regroupement Paris Universitas, créé en 2005, suite aux résultats des universités françaises dans le classement de Shanghai publié pour la première fois cette année là. L'association était alors centrée autour de l'université Paris Dauphine, de l'université Paris VI, ainsi que de l'ENS et de l'EHESS. Le groupement grandit rapidement et envisagea de se constituer en PRES dès que ce statut fut créé, ce qui lui fut refusé par les autorités de tutelle, sceptiques depuis la fondation de l'ensemble. Au gré des alliances, plusieurs pôles se constituèrent au sein de Paris Universitas, qui finit par prononcer sa dissolution en juin 2010, estimant que son œuvre voyait sa finalité dans la constitution de ces groupements. Sorbonne Universités est l'un d'eux.
Création
Le groupement a d'abord pris la forme d'une association 1901 lors de l'officialisation de l'établissement, manifestant le désir de se faire appeler « La Sorbonne », ce qui provoqua l'opposition d'autres acteurs de l'enseignement supérieur parisien. Le MESR refusa d'enregistrer un PRES associatif, tandis qu'une opposition menée par la ville de Paris, la Chancellerie des universités de Paris, et les autres universités de la capitale faisait valoir que ce nom était celui d'un bâtiment et d'un héritage commun à l'ensemble de ces institutions. Il ne pouvait donc pas être "confisqué" à cet héritage commun. De la même façon, Bernard Larrouturou, chargé par le MESR d'une mission sur l'avenir des universités parisiennes exprima dans un rapport sa désapprobation face au projet de rapprochement sous la forme d'une Fondation de coopération scientifique.
Malgré ces difficultés, qui ont retardé la mise en acte de cette alliance, le ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche, Valérie Pécresse, a enregistré le PRES le 22 juin 2010..