Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue.
Praxis, une lune minière klingonne et centre stratégique, explose, mettant à mal les fondations de l'empire klingon. Le chancelier du Haut Conseil Klingon, Gorkon, choisit de normaliser les relations avec la Fédération des planètes unies et de mettre fin à une guerre larvée de soixante-dix ans.
M. Spock, le capitaine Kirk et l'équipage de l'USS Enterprise partent escorter le vaisseau de Gorkon jusqu'au centre de conférence où il doit signer l'accord de paix. Au moment même de leur rencontre, et juste après un repas mémorable et difficile partagé par les deux délégations sur l'Enterprise, des torpilles apparemment tirées du vaisseau de Kirk touchent le Kronos, le vaisseau amiral klingon et le chancelier est abattu. Chang, général des Klingons, accuse Kirk, qu'il fait envoyer en compagnie du docteur McCoy sur la prison de glace Rura Penthe (nommé d'après l'ilôt pénitentiaire de Vingt mille lieues sous les mers). M. Spock ne dispose que de quelques jours pour sauver son ami et maintenir la paix menacée par une conspiration « anti-pacifiste ».
Après l'assassinat de Gorkons, sa fille, Azetbur, devint chancelier et continue à œuvrer pour la paix. Mais, pour des raisons de sécurité, le lieu de la conférence est tenu secret. Toutefois, les deux parties ont sous-estimé l'ampleur de la conspiration dite de Khitomer. Finalement, les équipages de l'USS Enterprise et de l'USS Excelsior interviennent à temps pour dénoncer le complot et empêcher une tentative d'assassinat contre le Président de la Fédération.