Les Transports à Toulon regroupent l'ensemble des modes de mobilités pratiquables dans l'agglomération toulonnaise regroupée au sein de la Communauté d'agglomération Toulon Provence Méditerranée.
Cette agglomération, de par sa topographie et sa densité de population, souffre d'un défici chronique en infrastructures de transports, générant d'importants problèmes de circulation.
Les autoroutes A 50 (ouest, vers Aubagne et Marseille) et A 57 (est, vers Hyères et Nice) sont l'axe est-ouest principal de l'agglomération : elles pénètrent celle-ci jusqu'au centre de Toulon et c'est pour les relier que le tunnel a été décidé. Comme tous les urbanistes le savent, « désenclavement » signifie aussi « ouverture à tout et à n'importe quoi » : depuis les années 1970, les autoroutes ont contribué à délocaliser vers Marseille certaines activités industrielles ou portuaires jadis toulonnaises ou seynoises, et elles ont joué le rôle d' aspirateur à voitures en facilitant l'accès au centre-ville des automobilistes des environs (qui, de ce fait, dédaignent les transports en commun dont la vitesse commerciale est réduite par les encombrements)en vidant le centre-ville de sa population. Toulon est également desservi par les anciennes nationales 97 et 98 désormais départementalisées, et par un réseau serré de routes et voies secondaires dont la rénovation se poursuit. En 2009, Carfree France a décerné son Bagnolo-trophée 2009 à la ville de Toulon, pour l’ensemble de son œuvre en faveur du tout-automobile.
Le tunnel de Toulon, long d'environ 2,5 kilomètres, est l'un des chantiers de ce type qui aura pris le plus de temps : les études ont commencé en 1967 et les premiers coups de pioche ont été donnés en 1991 pour ce tunnel qui devait désengorger Toulon, une des villes les plus embouteillées de France. Les travaux pour le premier tube dans le sens Nice-Marseille ont duré onze ans. Le 19 septembre 2002, le tube nord, comportant deux voies de circulation, s'ouvre à la circulation. Les travaux pour le tube sud (sens Marseille-Nice) sont toujours en cours. Ce tube devait ouvrir à fin 2011 mais l'ouverture est retardée à courant 2012. (A mi 2010, la date d'ouverteure du second tube est à nouveau reportée et celui-ci ne devrait pas ouvrir avant 2013 au lieu de 2011 initialement prévu) Le percement s'effectue par un tunnelier de 130 m² d'envergure avançant de 1,5 mètre par jour. Il se sera donc écoulé plus de 45 ans entre le début des études et la fin de ce projet, et plus de 20 ans pour la réalisation des travaux. Le coût du premier tube est-ouest a été de 350 millions d'euros, celui du second, en construction, est estimé à 300 millions d'euros dont 22.5% financés par le Conseil Général (A mi 2010, le cout de ce tunnel a été revu à la hausse et devrait avoisiner les 400 millions d'euros).
Afin de rendre les transports en commun du Réseau Mistral plus rapides et efficaces dans cette agglomération embouteillée, un projet de tram conçu par la Communauté d'Agglomération devait relier d'est en ouest La Garde (Var) à La Seyne-sur-Mer dans une première étape, puis Saint Mandrier au Pradet en un second temps. Les marchés avaient déjà été passés. Mais la levée de boucliers des intérêts locaux (propriétaires immobiliers, ferme de Olivades, unions de commerçants convaincus que leur clientèle ne peut faire ses courses qu'en voiture, comités d'intérêt local attachés à l'usage de la voiture) jointe au fait que le trajet prévu ne passait pas par la gare SNCF, et à la crainte des maires concernés que les inconvénients des travaux ne jouent électoralement contre eux, ont fait avorter ce projet et annuler les marchés. À la place, la Communauté d'Agglomération envisage à présent des bus à haut niveau de service, évoluant sur le site propre qui devait recevoir la plateforme du tramway.
Un autobus Heuliez GX 317 du réseau Mistral, stationné devant la gare de Toulon
L'avenue de la République (au fond l'arsenal) lors d'une "Journée sans voitures".
Toulon dispose d'un réseau cyclable qui emprunte les avenues les moins engorgées par les automobiles, où il est possible de faire place aux bandes sécurisées pour cyclistes, sans augmenter les embouteillages et sans prendre des mesures contraignantes pour réduire la circulation automobile (mesures forcément impopulaires). De ce fait, Toulon ne possède pas encore de traversée complète : celle-ci est promise pour 2012, après l'ouverture du second tunnel. Chaque jour quelques centaines de personnes empruntent ce réseau cyclable, mais dans le centre ville, là où pour créer des bandes sécurisées il eut fallu réduire le volume de la circulation automobile par des mesures contraignantes qui suscitent les protestations des automobilistes, les cyclistes doivent circuler parmi les voitures. Seuls les plus sportifs s'y risquent (pour beaucoup, des militaires travaillant à l'arsenal) et comme de nombreuses entreprises disposent de vastes parkings (y compris dans l'arsenal) la plupart des travailleurs préfèrent l'automobile. La sortie des écoles est également une source d'engorgement, la plupart des parents n'imaginant pas d'autre moyen que l'automobile (souvent de grande capacité) pour véhiculer leurs enfants.
Depuis la suppression en 1948 du train à voie métrique surnommé macaron ou Train des Pignes, reliant Toulon à Hyères et Saint-Tropez, une piste cyclable du littoral relie les plages de l'Almanarre, à Hyères à la sortie est de Toulon. À la sortie ouest de la ville, une autre piste mène désormais vers les quartiers ouest de Lagoubran.
Lors de l’assemblée générale du 25 avril 2009, la FUBicy a attribué son Clou rouillé à la ville de Toulon pour la timidité de sa politique cyclable.
Quelle que soit la "bonne volonté" des municipalités, les embarras de Toulon, ville resserrée entre mer et montagne, dureront probablement tant qu'il y aura des énergies fossiles pour faire rouler des automobiles.
Toulon ne dispose pas sur sa zone communale, de son propre aéroport. En effet, l'Aéroport de Toulon géré par la Chambre de commerce et d'industrie du Var est situé à une vingtaine de kilomètres à l'est de la ville, sur la commune de Hyères. Cinq destinations sont desservies directement, uniquement en Europe: Bruxelles, Brest, Londres, Paris, Rotterdam et Stockholm . D’autres destinations en correspondances existent via Paris-Orly. Toutefois, l'aéroport de Toulon souffre également de la proximité des aéroports de Marseille (90 kilomètres) et de Nice (137 kilomètres). Une navette effectue la liaison avec la gare routière de Hyères, en attendant la liaison directe par le train. Avec 629 412 passagers en 2008, le trafic global de l'aéroport varois a affiché une baisse de 2,58 % par rapport à l'année précédente et place ce dernier comme l'un des derniers aéroports français en termes de passagers.
La ville possède en son centre d'importantes installations portuaires. Le port de Toulon qui bénéficie d’une situation centrale et privilégiée en Méditerranée occidentale dispose d'une activité importante sur plusieurs sites. Géré par la Chambre de commerce et d'industrie du Var les activités commerciales se situent à l’intérieur d’une rade très protégée par la Marine nationale qui accueille de multiples activités tel que le commerce, la plaisance et la pêche. Toulon dispose d'une gare maritime accessible par le quai Cronstadt qui permet aux voyageurs d'être desservis sur les communes de La Seyne et de Saint-Mandrier par le réseau Mistral. Des compagnies privés effectue des trajets sur l'île de Porquerolles à Hyères durant toute l'année.
Longtemps délaissé par les compagnies maritimes de navigation, Toulon est aujourd'hui le principal port à destination de la Corse, avec près de 1 million de passagers par an. Cet essor est la conséquence de l'arrivée, en 2001, de la compagnie Corsica Ferries qui relie à l'année la cité varoise à Bastia et Ajaccio. En période estivale, des trajets vers Ile Rousse, en Balagna, sont proposés.
La gare de Toulon est desservie par le T.G.V. et par les TER (régionaux), ainsi que par quelques lignes SNCF classiques (notamment Bordeaux-Nice ou Metz ou Strasbourg-Nice).