La loi du 18 juillet 1896, due à un ancien professeur de la faculté des lettres de Bordeaux, Louis Liard, constitua l’université de Bordeaux.
Au début du XX siècle, l’université compte quelques milliers d’étudiants et se situe au quatrième rang des universités française. En août 1914, lors de la Première Guerre mondiale, les bâtiments universitaires sont réquisitionnés par le Gouvernement replié à Bordeaux. Pendant l’entre-deux-guerres, les effectifs augmentent d’un peu moins de 50 %, l’université de Bordeaux a des liens particuliers avec l’Outer-Mer et ses facultés organisent le baccalauréat pour le Maroc, le Sénégal. Avec la Seconde Guerre mondiale, les locaux abritent à nouveau le Gouvernement. Puis pendant l’Occupation, les bâtiments sont utilisés par les allemands, les étudiants sont menacés par le STO et le régime de Vichy révoque certains professeurs.
Au milieu du XX siècle, l’université compte 8 000 étudiants, ce qui la situe au deuxième rang des universités françaises derrière Paris. Ils sont répartis entre les faculté de droit (29 %), médecine (28 %), lettres (23 %) et sciences (15 %). Au début des années 1960 les effectifs d’étudiants sont à 13 000 et à la veille de 1968 25 000, le nombre d’enseignants augmente lui aussi de manière spectaculaire. De plus la parité de sexe est atteinte en 1968, alors qu’on comptait en 1945 deux fois plus de filles que de garçons chez les étudiants. Face à ces transformations, les locaux deviennent trop petits et la plupart des facultés déménagent vers un nouveau campus : le domaine universitaire de Talence Pessac Gradignan (sciences en 1960, droit en 1966-67, lettres en 1971). Dans le même temps des annexes s’installent à Pau mais aussi au Maghreb. C’est dans ce contexte qu’éclatent les évènements de mai 68. À Bordeaux, les facultés sont occupées, la faculté de lettre est le pôle majeur de la contestation, elle sera occupée jusqu’au 17 juin.
La loi d’orientation de l’enseignement supérieur du 12 novembre 1968, dite « loi Edgar Faure » supprime les facultés et réorganise les universités qui sont désormais administrées par des instances élues. Entre 1968 et 1970, l’université de Bordeaux éclate en trois nouvelles universités : Bordeaux-I (sciences, droit, sciences sociales et politiques, sciences économiques et de gestion), Bordeaux-II (médecine, pharmacie) et Bordeaux-III (lettres). En 1995, les universités Bordeaux-I et Bordeaux-IV furent créées après la partition de l’ancienne université de Bordeaux-I.
En 2007 le PRES Université de Bordeaux est créé pour fédérer les universités et d’autres établissements d’enseignement supérieur bordelais. L’idée de fusionner les établissements est régulièrement évoquée.
