L'Amérique centrale est traversée par un système montagneux appelé « la Cordillère centrale » dont les sommets peuvent dépasser les 4 000 mètres. Située à l'intersection de la Plaque caraïbe, de la Plaque nord-américaine et de la Plaque de Cocos, une chaîne volcanique longe la côte Pacifique du nord au sud de la région.
La côte caraïbe est constituée d'une forêt tropicale, qui n'est en réalité que la prolongation de l'Amazonie, très peu hospitalière. Grâce à cette forêt tropicale, l'Amérique centrale abrite 7 % de la biodiversité mondiale. La côte Pacifique, plus hospitalière car plus sèche grâce au relief la protégeant du climat caribéen, abrite quant à elle la majeure partie de la population centre-américaine.